生物信息学

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usertqusertq 回复了问题 2023-08-10 17:04
生物信息学 编程语言 生信具体问题
问答 请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？
usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup  demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为 ：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:07
生物信息学 生信分析
问答 生存分析KM-plot问题
孟浩巍: 不可以。 一定要用TPM，或者FPKM
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:05
生物信息学 生信分析
问答 生存分析KM-plot交叉问题
孟浩巍: 建议上个图，是不是样本量比较少，这种情况variation就会比较大。
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:39
生物信息学
问答 smORF的鉴定方法
chatGPT机器人: smORF的鉴定方法 smORF是指短开放阅读框（small open reading frame），其长度一般小于100个氨基酸。由于smORF在基因组中数量众多，且在基因调控中发挥重要作用，因此对其鉴定方法的研究也越来越受到关注。 下面是一些常用的smORF鉴定方法： 基于ORF长度和编...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 09:08
生物信息学
问答 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框
chatGPT机器人: 在riboseq中，frame指的是核苷酸序列中的第几个碱基作为起始点。具体来说，当核苷酸序列被翻译成蛋白质时，每三个核苷酸组成一个密码子，而每个密码子都对应着一个氨基酸。因此，frame也可以理解为一个密码子的起始点。 在riboseq中，frame通常是通过读取ribosome footpri...
文章 2023年最新conda国内镜像源
2023年最新conda国内镜像源
conda镜像 清华conda镜像 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config...
生物信息学
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:26
生信入门 生物信息学
问答 生信问题（我也不知道该怎么问）
孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。
fenglingfengling 回复了问题 2018-10-10 18:44
生物信息学
问答 关于基因对某种疾病的影响的问题
fengling: 据我了解，一般分两种思路 A、做大数据分析，即：找N个患有此病的人和正常人，分别测一下这个基因是否存在突变。然后对比一下相关性 B、研究一下这个基因的作用和这个疾病的致病机理
minipeachminipeach 发起了提问 2018-10-10 17:13
生物信息学
问答 关于cox回归分析问题
请问cox单变量多变量分析是想说明什么问题？:
stallworthstallworth 回复了问题 2018-10-02 15:32
生物信息学 生信入门 如何入坑
问答 生信到底如何入门？？？
stallworth: 进了实验室逼自己一把就入门了
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45
生物信息学 生信问题
问答 关于GO分析的问题
孟浩巍: 可以，但是有可能注释不全。
minipeachminipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38
生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题
问答 关于基因间的相关性分析
minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 09:21
生物信息学 lncRNA
问答 如何筛选小鼠lncRNA?
孟浩巍: lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。 我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。 同时，你需要关注一些lncRNA的database：   [url]http://www.noncode.org/[/url]   [...
海王坑海王坑 回复了问题 2018-09-05 11:04
生物信息学 考研
问答 考研生物信息学院校推荐
海王坑: 其实国内并没有很多纯粹的生物信息学学院吧，看你自己的定位，结合自己的基础。如果自己是上游学科的基础，比如数学专业等出身，可以考虑算法开发往国外找找信息，国内老师大部分的方向还是在基于一个具体的研究，需要使用生信作为一门技术手段去分析数据，大部分处于一个下游学科方向，这样的话选择就挺多的了
minipeachminipeach 回复了问题 2018-09-03 14:05
生物信息学
问答 想要提取指定基因的行信息
minipeach: name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do         grep  $dd 5406.txt >> result1.txt done   这是我提取信息的脚本，其中name_deal.tx...
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