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生信分析

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综合问题文章简介

xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03 生信分析 生信问题: 问答关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52 生信分析 生信问题: 问答请问cytoscape是怎么构建网络的？

Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

ccssooll999 发起了提问 2023-06-01 14:45 生信分析: 问答人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?

萌新对两方面都很感兴趣，希望有大佬能帮助拓宽眼界。感谢！:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:34 生信分析 参考基因组: 问答网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？

孟浩巍: 染色体里有一些简单重复序列，比如端粒，着丝粒，串联重复等等，这些序列的长度可以估算一个大概的值，但是测序的时候拼装不起来，比如N个AT串联。这个时候，我们的染色体在开头，中间，结尾的各个部分都会出现N的情况。我之前写过一段程序，画了一下hg19和hg38两个human genome版本的N的情...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-10 09:30 生信分析: 问答请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

孟浩巍: 我一般建议从两个网站上考虑，第1个就是GO网站，看看这个gene的GO注释是什么，能说明一定的gene功能。网址： [url]http://geneontology.org/page/go-enrichment-analysis[/url] 第2个是UniPort网站，里面会介绍有文献报道的功...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

徐寅生 发起了提问 2018-09-09 10:54 生信分析: 问答【求助】怎么能画出子网络图

我用cytoscape MCODE分析之后软件没有把子网络图画出来，但是已经分析了结果。那么，我怎么画出子网络? [attach]170[/attach] 已经解决了问了一个白痴问题。原来是结果是有一颗 show的选项，点了才能显示:; 关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 14:21 生信分析: 问答关于RSEM和RPKM

孟浩巍: 癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-08-24 22:55 Cytoscape 生信分析 miRNA_mRNA互作分析: 问答测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

孟浩巍: 不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRN...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

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