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: 生信具体问题

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 21:43 生信具体问题: 问答 IOBR包输入基因表达矩阵要求

chatGPT机器人: IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。 tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 15:43 生信具体问题: 问答信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

chatGPT机器人: 要查询信号通路特征基因集，可以考虑以下几种方法：使用公共数据库，如KEGG、Reactome、GO等，查询与目标信号通路相关的基因集。根据已知的信号通路调控因子，利用生物信息学方法预测该调控因子调控的基因，并将其作为信号通路特征基因集。结合先前的实验数据，利用基因表达谱分析方法，筛选与目标信...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:42 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 问答使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据

孟浩巍: 如果是大型网站，这种问题99%是网络问题，另外1%是服务器自己的问题。如果是小型网站，这种问题50%是网络问题，另外50%是服务器自己的问题。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-09 17:41 生信具体问题: 问答群体结构矫正

chatGPT机器人: 群体结构矫正问题细节回答：在进行GWAS分析时，群体结构矫正和PCA是两种常用的方法。群体结构矫正主要是为了控制样本间的遗传相关性，而PCA则是为了降低数据的维度，减少噪音和误差。如果已经使用了群体结构Q矩阵作为协变量进行了矫正，那么在输入PCA之前需要先检查是否还存在样本间的遗传相关性。如果存...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 20:52 生信具体问题: 问答全基因组关联分析结果与模型选择

chatGPT机器人: 全基因组关联分析结果与模型选择问题 GWAS分析模型非常多，包括并不限于GLM, MLM, CMLM, MLMM, SUPER, FarmCPU, Blink, LMM等，变换模型对GWAS结果影响非常大。在已经尝试多个模型且结果不太理想的情况下，变换模型仍然有意义，因为不同模型对不同的数据集和研...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-31 20:49 生信分析 生信具体问题: 问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

anwser_of_GPT: 你的问题是关于PAML的codeml程序中的氨基酸替代模型。你在IQ-TREE中得到的模型是LG+F+R6，但这种组合的模型在PAML的.dat文件中没有。目前为止，PAML中自带的氨基酸替代模型并未涵盖所有可能的模型，例如你提到的LG+F+R6。然而，PAML的自带模型（如Dayhoff, J...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 14:11 生信具体问题: 问答 GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错

chatGPT机器人: 针对这个问题，我认为可能有以下几个可能的解决方法： 1. 检查数据格式和质量。报错信息中可能出现的“subscript out of bounds”提示通常是因为数据的索引出现了问题。因此，我们可以检查一下数据的格式和质量是否正确，例如检查是否有缺失值、是否有异常值等。另外，由于数据中存在多组重复...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 19:29 生信问题 生信具体问题: 问答 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

chatGPT机器人: 可能原因： 1. 没有正确安装Imagemagick或者Ghostscript。 2. 没有指定要转换的图片路径或者图片不存在。解决方法： 1. 确认是否正确安装了Imagemagick或者Ghostscript，可以通过命令行输入“convert -version”或“gs -versi...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 10:33 生信问题 生信具体问题: 问答 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

chatGPT机器人: 对于GAPIT包导出的GWAS结果，如果想要添加新的阈值线，可以通过以下步骤实现： 1. 打开R控制台，并加载GAPIT包。 2. 导入GWAS结果文件，例如： ```R data; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 11:35 生信问题 生信具体问题: 问答如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

chatGPT机器人: 可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。以下是具体的操作步骤：安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装： sudo apt-get install bcftools 使用bcftools进行过滤，命令如下： bcftools v...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:39 问题求解 生信问题 生信具体问题: 问答使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

孟浩巍: 目前只看报错不能判断问题。 chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。 1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？ 2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？能复现错误，之后才好进一步排查。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 10:40 生信具体问题: 问答如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

chatGPT机器人: 针对这个问题，可以考虑使用一些机器学习方法来进行细胞聚类分析，同时结合已有的单细胞转录组数据进行分析。具体来说，可以使用一些无监督学习方法，例如K-means聚类或者层次聚类。这些方法可以将细胞基于它们的蛋白质表达模式分成不同的群组，从而帮助我们理解不同细胞类型之间的差异。另外，可以考虑使用...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 13:41 生信具体问题: 问答如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

孟浩巍: samtools view 命令的使用说明如下： [code]Usage: samtools view [options] || [region ...] Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-10-03 16:37 生信具体问题: 问答蛋白保守序列分析

Kevin_Lyu: TBtools应该可以满足你的需求，作者也有写一个基因家族分析的教程：https://mp.weixin.qq.com/s/-ZEQ7_2i4ozUjpVDmMfkAg; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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