单细胞RNA_seq

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chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:46
单细胞RNA_seq
问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题
chatGPT机器人: 这个错误通常是由于矩阵中包含非数字的字符导致的。可能是因为counts矩阵中包含了一些非数字的字符，例如基因名称或细胞ID。您可以尝试将这些非数字的字符从矩阵中删除或替换为数字，然后再次运行代码。以下是可能的解决方案： 1. 检查counts矩阵中是否存在非数字字符。 2. 如果存在非数字字符，...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-27 17:25
单细胞RNA_seq
问答 使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc
chatGPT机器人: 使用Seurat包导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵，需要使用以下代码： ```R # 加载Seurat包 library(Seurat) # 读取数据 pbmc
回复了问题 2023-05-25 13:53
单细胞RNA_seq
问答 harmony处理批次效应
: 个人建议是，在做样本合并之前，先对每个样本单独进行FindVariableFeatures，得到每个样本的高变异基因（hvf），而后取样本hvf的并集，作为后续合并完成的SeuratObject的hvf，这样可以保证每个数据集的差异特征尽可能的保留。而后，再对合并完成的SeuratObject进行S...
回复了问题 2023-05-25 11:59
单细胞RNA_seq
问答 DoubletfFinder Pk值相关计算的问题
: For example, in a dataset with 15,000 real cells, a pN of 0.25 would represent the integration of 5,000 artificial doublets, and a pK of 0.01 would re...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-24 16:16
单细胞RNA_seq
问答 你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？
chatGPT机器人: 当进行单细胞分析时，双细胞可能会干扰结果的准确性。因此，在进行单细胞分析之前，需要去除双细胞。以下是包含双细胞去除的单细胞分析完整流程： 细胞悬液制备 将细胞悬液制备为单细胞悬液。可以通过机械分离、化学分离、生物分离等方法获得单细胞悬液。 双细胞去除 使用双细胞去除方法去除双细胞。可以使用F...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 09:42
单细胞RNA_seq
问答 运行harmony后counts数变成小数
孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46
#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq
问答 单细胞seurat对象的基因过滤
chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:49
单细胞RNA_seq
问答 单细胞RNA-seq分析流程
孟浩巍: 恐怖的chatGPT
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-20 21:55
单细胞RNA_seq
问答 ​单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性
孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路：   1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；    
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