孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:18

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq count值和fpkm值不对应

孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。  这个是有可能的。 主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15

生物信息学

问答 在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法

孟浩巍: 你要比较的是什么？

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:14

生信分析

问答 Picard Markduplicate

孟浩巍: picard 是根据reads的起始和终点来判断的，比如双端测序，能确定这两条reads R1和R2的起点和终点，拥有相同起点和终点的都算dup； picard运行完输出一个matrix文件，里面有。

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05

数据处理 Chip_Seq

问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08

数据处理 Chip_Seq

问答 bowtie2比对 报错

孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。 一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08

基因组

问答 HiC-pro

孟浩巍: 可以啊，我每次都是单独的rep进行比对，分析。 怎么处理生物学重复是下游的问题。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 13:53

生信分析

问答 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较

chatGPT机器人: 在ATAC-seq数据分析中，样本间的测序深度差异会对后续的差异比较产生影响。处理这种差异的方法可以有多种选择。 一种方法是将所有样本的数据量调整为一致的水平，以确保比较的公平性。您提到的将其他样品downsampling为与最低数据量相同的45M，是一种常见的做法。这样可以确保每个样品都有相同的...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-07 12:49

三代测序

问答 三代重测序结合DNA甲基化的推荐文章

孟浩巍: 三代重测序 + 甲基化测序，如果还三代 + 二代没啥优势啊。 如果是三代直接读甲基化的信号，算法也很多了，你可以看看肖传乐老师的paper

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-06 12:52

RNASeq数据处理 RNA_seq

问答 多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题

chatGPT机器人: 对于这种情况，可以考虑使用Two-Step策略来处理多个处理组的RNAseq数据。 首先，你可以将每个处理组的counts表格分别合并，得到A、B、C、D、E、F、G、H、I和J的counts表格。 然后，你可以选择将这些表格进行合并。将所有处理组的counts表格合并成一个大的counts表格...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-05 14:52

Chip_Seq

问答 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因

chatGPT机器人: 1. ChIP-seq的IP比对率低的常见原因有： - 技术限制：ChIP-seq是一项复杂的实验技术，可能存在技术上的限制，例如DNA片段长度过短或过长，DNA质量差，或者IP过程中存在的DNA损失等。 - 抗体选择和质量：IP的关键步骤是使用特异性抗体来富集目标蛋白结合的DNA片段。如果抗体的特...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-01 15:58

测序原理 二代测序

问答 为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？

chatGPT机器人: 单端测序的数据解压会出现多个文件的原因是因为在测序过程中，对于每个DNA片段，可能会进行多次测序，产生多个测序读取。这些多个读取可以来自于同一个DNA片段的不同位置，或者来自于测序过程中的技术重复。 当使用`fastq-dump --split-e`命令解压单端测序数据时，可能会出现两个或者三个文...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-30 14:58

二代测序 表观遗传学

问答 人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答： 这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:07

生信分析

问答 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

孟浩巍: 大概率是内存不够，报错了。 可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。 如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:05

生信分析

问答 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

孟浩巍: 不建议这么操作，直接是什么样子就是什么样子。 如果非要过滤，也是最后得到计算结果，在表格这个层面进行过滤。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:47

数据处理 linux Chip_Seq

问答 ROSE包 分析Super Enhancer

chatGPT机器人: 首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因： 数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。 数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到...

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