孟浩巍 回复了问题 2023-05-16 11:16

mapping

问答 Picard fixmate是否有必要

孟浩巍: fixmate主要的用途是用来检测你的双端测序的另一端的比对情况。 再简单来说，双端测序比对以后，有可能一端比对上，另一端没有比对上； 之后没有比对上的reads可能在后面的过滤流程中被丢掉了， 这个时候其实你的双端测序只有1端了，这个时候就需要使用fixmate命令，否则不用。 一般在做自...

赞同3 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 20:02

CDS序列的批量下载

问答 请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

孟浩巍: 这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。   [b]第1步，打开 UCSC genome browser里面的table browser；[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://gen...

赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

i_thinking 回复了问题 2018-10-11 16:58

hichip

问答 Hichip得到loop数据如何注释？

i_thinking: 谢谢，孟老师。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 09:35

R. 芯片

问答 如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

孟浩巍: 可以使用limma包，具体参考我之前的视频。   第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 [url]https://www.bilibili.com/video/av29802900[/url] 主要内容 [list] [*]生物芯片处理流程及方法概览[/*] [...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

灵动的小猪 回复了问题 2018-10-09 14:01

绘图

问答 怎么画snp密度在染色体上的分布图，例图如下

灵动的小猪: 我是使用ggbio画的，可以把位点信息构成一个GenomicRanges的形式的数据，然后用ggbio的函数画图就可以了

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

fengling 回复了问题 2018-10-09 09:14

转录因子

问答 非已知转录因子预测

fengling: [size=14]blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列的话，其实就可以认为这个TF就是那个已知的TF来处理，所以应该可以直接用已知TF的结合位点和靶基因来验证未知TF是否就是已知TF，如果验证成功，那么两者就可以确定是同一种TF。单纯从逻辑上可以做出以上推断。：）[/size]

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-08 16:55

数据下载 文献阅读

问答 如何下载指定文献的原始数据？？

孟浩巍: 在文章里面搜索GEO编号一般是GSE开头的，然后按照视频里的操作进行下载，现在一般是使用prefetch进行下载。   参考视频： 第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av298029...

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

pagu 回复了问题 2018-10-08 15:20

GATK

问答 运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

pagu: 平常使用gatk的时候没碰过这个命令，以为影响不大来着。 运行报错的时候使用的gatk是哪个版本的？近期gatk更新的非常频繁，4.0往后已经有好多个小版本了，变化比较大，如果不是最新版的话可以先换成最新的版本试一下看能不能解决

赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-07 10:37

文献阅读 基因注释

问答 Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？

孟浩巍: 就是 histone modification 可以对应基因区，然后rice的注释里没有注释成gene的区域，但是有对应的histone modification信号，那么也推断它是一段gene区。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

hotfoxprince 发起了提问 2018-10-06 22:35

16s rRNA

问答 16s rRNA分析中的标准化

首先，16s rRNA分析在得到OTU之后，常常分析alpha/beta diversity & 差异丰度分析，这里涉及一个标准化的问题。qiime2针对不同library size的样本采取的策略是rarefying，大概就是所有样本抽样到相同值。但有文章又说这种方法不好，所以我就看了下phylo...:

关注问题 1  0  0 评论

孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 13:41

生信具体问题

问答 如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

孟浩巍: samtools view 命令的使用说明如下： [code]Usage: samtools view [options] || [region ...] Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

刘正 回复了问题 2018-10-04 17:49

候选基因

问答 如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因

刘正: 感谢孟叔，孟叔有在哪个了live中讲过相关知识吗  

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

Czc 回复了问题 2018-10-03 09:28

差异基因 RNA_seq

问答 RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

Czc: 我同意楼上的说法，主要是看你想要什么样的结果，如果你是想要看treatment和non-treatment之间的不同就分三组做，你要是想看WT、OE-1、OE-2的就可以单独的拿这三组数据做，你要是想要看整体的，就很难计算了，我曾经做过四组之间的不同的差异表达分析，我当初的想法是这样的，就是A与B比...

赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

辅导辅导员的辅导员 回复了问题 2018-10-01 08:21

截取基因片段

问答 关于 截取某基因前后200bp片段

辅导辅导员的辅导员: 坑主回答真是详细

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-30 10:45

mapping RNASeq数据处理 Live问题

问答 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题

孟浩巍: 感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。   第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 ind...

赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复