Picard fixmate是否有必要

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mapping

各位大佬好~我在对fastq进行mapping时，大致流程是先用mem mapping之后排序再使用Picard进行dedup，但是我最近看千人的处理数据，发现他们在mapping之后先用Picard的fixmate处理，然后再去重的。我的问题的这个fixmate是否是必须要进行的？做这步的意义是什么？如果不做这一步会不会对后续分析有影响？千人在dedup之前做的这一步，我是否可以在dedup之后做这一步呢，会有影响吗？谢谢各位大佬的解答~

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-16 11:16

fixmate主要的用途是用来检测你的双端测序的另一端的比对情况。

再简单来说，双端测序比对以后，有可能一端比对上，另一端没有比对上；

之后没有比对上的reads可能在后面的过滤流程中被丢掉了，

这个时候其实你的双端测序只有1端了，这个时候就需要使用fixmate命令，否则不用。

一般在做自己分析的时候，不太影响，所以可以不用做。

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发布时间: 2023-05-16 11:01

更新时间: 2023-05-16 11:16

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