chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-24 15:38

Gene ID转换

问答 ID mapping

chatGPT机器人: 可以，你可以自己实现一个类似Uniprot ID Mapping的工具。ID Mapping是将一个标识符（如Uniprot ID）映射到另一个标识符（如Ensembl ID）的过程。实现ID Mapping的工具涉及以下几个方面的业务逻辑架构： 1. 数据获取：首先，你需要获取源数据，包括不同数...

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usertq 回复了问题 2023-08-10 17:04

生物信息学 编程语言 生信具体问题

问答 请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

usertq: chatgpt写的有些繁琐，直接```samtools mpileup  demo.bam > demo.mpileup ```demo.mpileup，每列分别为 ：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-08 01:44

基因组

问答 PacBio纠错算法的研究

chatGPT机器人: PacBio纠错算法的研究通常涉及以下几个问题细节：   错误检测和纠正：PacBio测序技术在读取DNA序列时存在一定的错误率，主要包括碱基插入、缺失和错配等。因此，纠错算法的首要任务是检测和纠正这些错误。这可以通过比对测序读取与参考基因组或已知高质量序列进行比对来实现。纠错算法...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

生信具体问题

问答 如何提取可变剪切位点？

孟浩巍: 查一下rMATS这个软件。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-15 23:16

生信分析

问答 非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？

chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 14:43

肿瘤 基因组

问答 肿瘤样本的VAF值

chatGPT机器人: 对于肿瘤样本中VAF=1的比例非常高的情况，一般来说不正常。因为VAF（Variant Allele Frequency）是指突变等位基因在总等位基因中的比例，而肿瘤细胞通常是由原始正常细胞突变而来，所以肿瘤细胞中除了突变等位基因外，还有正常等位基因。因此，如果肿瘤样本中VAF等于1，就意味着这个位...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:55

motif分析

问答 homer

孟浩巍: 我感觉还是你这个范围提取序列的时候，出问题了。可能是有的region取不到上游800.

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-31 20:49

生信分析 生信具体问题

问答 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题

anwser_of_GPT: 你的问题是关于PAML的codeml程序中的氨基酸替代模型。你在IQ-TREE中得到的模型是LG+F+R6，但这种组合的模型在PAML的.dat文件中没有。 目前为止，PAML中自带的氨基酸替代模型并未涵盖所有可能的模型，例如你提到的LG+F+R6。然而，PAML的自带模型（如Dayhoff, J...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 16:35

生信入门

问答 如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列

孟浩巍: 你是想下载NT库和NR库里的病毒序列吗？ 直接去NCBI的FTP站上，都可以直接下载。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 16:07

三代测序

问答 三代序列挑选目的序列

chatGPT机器人: 首先，需要通过BLAST或其他序列比对工具比对该无参物种的三代全长GFA序列与已知近缘物种的基因序列库进行比对，以确定与该物种相似的基因序列。 接着，可以使用基于组装或基于比对的方法对已筛选出的基因序列进行进一步挑选和筛选，以确保选出的序列具有高质量和可靠性。 最后，可以使用基于进化关系的分析方法...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 21:38

问题求解

问答 科研/读博

孟浩巍: 这是一个很大的问题，要展开谈，肯定又是几千字。 在这里我只能说尽量，凡事都要尽量，尽自己最大的所能。 我们绝大多数人还到不了拼天赋的时候。 最后，就是培养自己idea落地的能力，是一个漫长的过程，但是第一步就是读文献，要阅读大量的文献。你这个领域的200篇最经典的文献先读完，再说。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 09:43

数据库

问答 CMAP LINCS 2020

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您提供以下几个解决方法： 尝试不同的浏览器，有时候某些网站可能在某些浏览器上不兼容。 清除浏览器的缓存和Cookie，有时候这些可能会干扰网站的正常运行。 尝试使用其他网络环境，例如使用手机热点或者连接到其他Wi-Fi。 联系网站管理员或者技术支持，他们可能会提供更具体...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 19:33

生信分析

问答 纤维二糖功能

chatGPT机器人: 纤维二糖是一种多糖，它在酵母细胞中具有多种利用和功能相关基因和通路。 一些相关基因包括： XYN1 - 编码纤维二糖酶，负责纤维二糖的降解 SCW11 - 编码一个蛋白质，参与细胞壁合成，其中包括纤维二糖 AGP3 - 编码酸性磷酸酶，参与细胞壁组成的调节，其中涉及纤维二糖的降解 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 13:14

生信分析

问答 在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

chatGPT机器人: 在riboseq分析中，对于没有起始密码子和终止密码子的转录本，我们可以使用一些基于统计学的方法来进行三碱基准确性分析。 一种常见的方法是通过计算每个三碱基的读取数来确定其准确性。 具体来说，我们可以使用软件包如RiboTaper或TEISER来对读取进行比对，并将每个三碱基的读取数与期望的读取...

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yybgoodday 回复了问题 2023-05-18 15:04

数据库

问答 CMAP LINCS 2020下载问题

yybgoodday: compoundinfo_beta.txt下载链接：https://s3.amazonaws.com/macchiato.clue.io/builds/LINCS2020/compoundinfo_beta.txt?AWSAccessKeyId=AKIATAWTSI6KFUAMHHXN&Ex...

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