wuyukang 回复了问题 2023-11-16 09:01

生信入门

问答 我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点

wuyukang: 你是从教育网下载还是什么？

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:58

生信入门 基因组

问答 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置

chatGPT机器人: 在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。 在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-03 23:54

生信具体问题

问答 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错

chatGPT机器人: 根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F）...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 12:32

生信具体问题

问答 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类

chatGPT机器人: 关于VCONTACT2结果文件genome_by_genome_overview的统计分类问题 首先，让我们逐个解答你提出的问题。 1. 相同VC的基因组是否一定具有相同的科水平？ 不一定。尽管相同VC的基因组通常属于相同的科，但也有可能存在例外情况。这是因为VC是根据基因组之间的相似性进行聚...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16

RNA_seq

问答 GATK和Samtools联合寻找变异

孟浩巍: 没必要，就用一个即可。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-31 20:56

重测序

问答 我用admixture进行群体结构的时候，为什么做出来到K=1到11中K=9最小，但是到K=12之后又更小了

chatGPT机器人: 根据提供的信息，您在使用admixture进行群体结构分析时，发现K=9时达到最小值，但是在K=12之后又变小了。这种情况可能是由于多种因素引起的。 首先，需要注意的是K值代表了群体结构的数量。较小的K值表示更简单的群体结构，而较大的K值表示更复杂的群体结构。在您的情况下，K=9时可能反映了较为准...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 20:55

生信具体问题

问答 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究

chatGPT机器人: 你的问题非常具体，想要通过纯生信的方法预测微生物分泌蛋白与肠道细胞膜受体蛋白的结合反应。下面我会给你一些建议和相关文献推荐。 Protein-Protein Docking（蛋白质蛋白质对接）是一种常用的方法，用于预测两个蛋白质之间的结合模式。在你的研究中，你可以将肠道细胞膜受体蛋白与微生物分泌蛋...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 16:44

BWA

问答 使用bwa index 时遇到问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，问题是使用bwa index构建参考基因组索引时遇到问题。根据日志和结果文件，可以看到索引文件并没有成功构建起来。而尝试使用bwa index -a bwtsw构建索引时出现了浮点异常错误。你怀疑问题是因为染色体序列大小超过了2GB的限制。 在这种情况下，你可以考虑对染色体序列进...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 15:09

转录组 生信分析

问答 植物TWAS流程

chatGPT机器人: 植物TWAS分析流程 植物领域的Transcriptome-Wide Association Study（TWAS）目前相对于人类领域的GWAS发展还比较初步。虽然一些软件如prediXcan、FUSION和SMR主要针对人类模式，但也有一些可用于植物TWAS分析的软件和流程。 软件和工具 在植物...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-11 17:15

数据库使用

问答 有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学)

chatGPT机器人: 蛋白质表达定量数据库 作为生物学家或生物信息学家，您可以尝试以下数据库网站来获取蛋白质表达定量数据： The Human Protein Atlas - 这个数据库提供人类各个组织和细胞类型的蛋白质表达定量数据。您可以通过搜索特定蛋白质或浏览组织类型来获取数据。 NCBI Ge...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 17:44

生信分析 基因组

问答 23年生信NCCL室间质评

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我了解你在分析23年生信NCCL室间质评的问题并感到紧张。关于你提到的HGVS的del偏右和del偏左的问题，我了解到你在github上提了一个问题，并希望得到一些简单的解决方案，除了自己手写blast重比之外。 根据你提供的信息，你可能对复杂变异的规范化感兴趣，以满足...

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起始于南农 回复了问题 2023-06-27 10:08

编程语言

问答 补全OTU表

起始于南农: #用blast的结果将qiime2分类器注释结果进行补全 temp1_taxonomy <- blast.tax[,1] %>% left_join(taxonomy, by = "OTU_ID") #判断两个数据框每行的OTU是否对应，才能开始下一步 blast.tax$OT...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 20:42

软件安装

问答 snippy calling 微生物snp

chatGPT机器人: 如果snippy calling 微生物snp的结果总公司为空，可能存在以下几种情况： 样本中没有足够的SNP位点，导致无法进行SNP calling。此时可以考虑增加样本数量或者改变SNP calling参数。 样本中存在较高的测序错误率，导致SNP calling失败。此时可以考虑使用更高质...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 17:00

软件安装

问答 conda怎么更新blastp到最新版本

孟浩巍: bioconda有的时候不提供最新版本，这时候只能自己下载最新版本进行安装，就不能再用conda了。 具体看一下这个页面。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-07 20:38

生信问题

问答 不同样品中寻找特异的OTU

孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。 然后就是用热图画。 每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。

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