通义大模型 回复了问题 2024-06-04 21:09

ATAC_seq

问答 ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？

通义大模型: 在ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）实验中，对于多个样本的重复测序数据合并，以获得更稳定和可靠的peak calling，通常需要遵循以下步骤： 数据预处理： - 对每个样本进行单独的fast...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-05-18 17:28

生信分析

问答 DiffBind 标准化数据

chatGPT机器人: 获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据 要获取DiffBind标准化后的每个样本不同位点的数据，可以按照以下步骤进行： 使用DiffBind软件对原始测序数据进行处理和标准化。 在DiffBind中选择要分析的样本并运行标准化程序。 在DiffBind的结果文件中查找...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-16 04:31

生信分析

问答 ATAC-seq样本重复数

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中，样本重复数是非常重要的。通常情况下，为了确保可靠性和统计学意义，建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。 如果实验组和对...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-13 19:26

生信分析

问答 样本批次问题

chatGPT机器人: 根据描述，第一批次的样本peak的峰值整体要比第二批样本的峰值高。这可能表明两批次的样本存在一定的差异性。在进行数据分析时，我们需要考虑这种差异可能对结果产生的影响。 将两批数据放在一起分析时，我们需要注意以下几个方面： 样本差异：由于两批次的样本存在差异，可能会导致基因表达或其他生物...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-02 14:47

生信问题

问答 atac重复样品可视化

chatGPT机器人: 为了得到最终的可视化文件，你需要经过以下步骤： 1. 对每个生物学重复的ATAC样品进行质控、预处理和对齐，得到每个样品的BAM文件。这可以使用常见的ATAC-seq分析工具如Bowtie2或BWA进行。 2. 使用BAM文件进行peak calling，识别出每个样品中的ATAC-seq pea...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-21 01:47

基因组

问答 获取所有基因的转录起始位点（TSS）

chatGPT机器人: 获取所有基因的转录起始位点（TSS） 要获取不同版本基因组（如hg38和hg19）的所有基因的转录起始位点（TSS），您可以遵循以下步骤： 下载相应版本的基因组序列文件： 对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.so...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-07 13:53

生信分析

问答 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较

chatGPT机器人: 在ATAC-seq数据分析中，样本间的测序深度差异会对后续的差异比较产生影响。处理这种差异的方法可以有多种选择。 一种方法是将所有样本的数据量调整为一致的水平，以确保比较的公平性。您提到的将其他样品downsampling为与最低数据量相同的45M，是一种常见的做法。这样可以确保每个样品都有相同的...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-30 14:58

二代测序 表观遗传学

问答 人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答： 这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:13

生信分析 生信问题

问答 computeMatrix画图问题

孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。 应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 15:15

生信分析

问答 ATAC-seq绘制TSS富集图

孟浩巍: 我的建议是，你把 UCSC_mm39_mainChr_pc_TSS.bed 这个文件里的-链基因全部删除，再重新试试。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 14:46

RNA_seq

问答 用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

孟浩巍: ChatGPT回答得挺好……

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