灵动的小猪 回复了问题 2018-10-09 14:01

绘图

问答 怎么画snp密度在染色体上的分布图，例图如下

灵动的小猪: 我是使用ggbio画的，可以把位点信息构成一个GenomicRanges的形式的数据，然后用ggbio的函数画图就可以了

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fengling 回复了问题 2018-10-09 09:14

转录因子

问答 非已知转录因子预测

fengling: [size=14]blast得知该TF是和一个已知TF同源的序列的话，其实就可以认为这个TF就是那个已知的TF来处理，所以应该可以直接用已知TF的结合位点和靶基因来验证未知TF是否就是已知TF，如果验证成功，那么两者就可以确定是同一种TF。单纯从逻辑上可以做出以上推断。：）[/size]

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fengling 回复了问题 2018-10-09 09:05

无参转录组

问答 在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

fengling: 那么你现在有的数据是什么格式的文件呢？

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-08 22:14

富集分析

问答 如何判断GO号的层级？

孟浩巍: 这个感觉很少这么用，就是从根注释数过来，是第几层就是几级，你可以从GO官网或者是 [url]https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/go[/url]  去查

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Pancras 回复了问题 2018-10-08 17:46

序列编辑

问答 有哪些常用的有参序列拼接工具？

Pancras: 我有个疑问，你都有参考序列了，你还拼接个啥。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-08 16:55

数据下载 文献阅读

问答 如何下载指定文献的原始数据？？

孟浩巍: 在文章里面搜索GEO编号一般是GSE开头的，然后按照视频里的操作进行下载，现在一般是使用prefetch进行下载。   参考视频： 第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 网址 [url]https://www.bilibili.com/video/av298029...

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pagu 回复了问题 2018-10-08 15:20

GATK

问答 运行gatk HaplotypeCaller的时候提示没有AVX加速

pagu: 平常使用gatk的时候没碰过这个命令，以为影响不大来着。 运行报错的时候使用的gatk是哪个版本的？近期gatk更新的非常频繁，4.0往后已经有好多个小版本了，变化比较大，如果不是最新版的话可以先换成最新的版本试一下看能不能解决

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海王坑 回复了问题 2018-10-07 15:50

旅游攻略

问答 如何在西宁附近旅游三天

海王坑: 茶卡盐湖   西宁市里有个马尔沙清真牛杂可以去吃下

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-07 10:37

文献阅读 基因注释

问答 Identification of Missing Genes in Rice Annotation by Histone Modifications 怎么理解这段？

孟浩巍: 就是 histone modification 可以对应基因区，然后rice的注释里没有注释成gene的区域，但是有对应的histone modification信号，那么也推断它是一段gene区。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-07 10:32

环境变量

问答 linux环境变量错误导致无法运行命令

孟浩巍: 把/bin  /usr/bin 等目录添加到PATH环境里面就好了。   [code]echo "export PATH=/bin:$PATH" >> ~/.bashrc echo "export PATH=/usr/bin:$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.ba...

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hotfoxprince 发起了提问 2018-10-06 22:35

16s rRNA

问答 16s rRNA分析中的标准化

首先，16s rRNA分析在得到OTU之后，常常分析alpha/beta diversity & 差异丰度分析，这里涉及一个标准化的问题。qiime2针对不同library size的样本采取的策略是rarefying，大概就是所有样本抽样到相同值。但有文章又说这种方法不好，所以我就看了下phylo...:

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韩逸青 回复了问题 2018-10-05 22:49

算法

问答 在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

韩逸青: 谢谢你！

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韩逸青 回复了问题 2018-10-05 19:26

算法

问答 对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

韩逸青: 好的 ，多谢孟叔

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 16:32

RNA_seq

问答 【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-

孟浩巍: 诺禾致源感觉还可以。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-05 13:41

生信具体问题

问答 如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads

孟浩巍: samtools view 命令的使用说明如下： [code]Usage: samtools view [options] || [region ...] Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -...

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