chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 13:06

生信入门 生信分析 生信问题 转录组比对 转录组

问答 链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

chatGPT机器人: 在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA： mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。 lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 12:16

生信问题

问答 如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值

chatGPT机器人: 首先，FUBAR是一种基于贝叶斯方法的正选择压力检测工具，用于检测基因在进化过程中是否受到了正选择的作用。通过FUBAR的分析结果，我们能够获得每个位点的正选择概率值。 在计算该基因的dn/ds值之前，我们需要先了解什么是dn/ds值。dn/ds值是指非同义突变（dn，即replacement s...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:55

生信分析

问答 用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗

chatGPT机器人: 可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。选择消除分析是一种基于基因频率的方法，可以通过比较不同群体中基因频率的差异来识别受选择基因。相比于GWAS，选择消除分析不需要大样本量，可以在小样本量下进行。 在本例中，由于样本数量较小，可以考虑使用选择消除分析来筛选受选择基因。首先，需要将样本按照A...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:44

基因组 基因组组装资料分享

问答 基因组组装问题

chatGPT机器人: 基因组组装问题 基因组组装是生物信息学领域中的一个重要问题，它涉及到将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。然而，在实际操作中，由于某些原因（如基因组重复区域、嵌合基因等），组装过程中可能会出现一些困难。为了克服这些困难，生物学家和生物信息学家们通过不断地改进和创新，提出了许多辅助组装基因组的方法。...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-17 11:40

生信问题

问答 染色体号是罗马数字怎么写sh循环

孟浩巍: 类似 for chr_name in chrI chrII chrIII chrIV do xxx done

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:00

表观遗传学

问答 表观遗传学未来发展趋势是什么？

chatGPT机器人: 表观遗传学未来发展趋势 随着技术的不断进步和生物学研究的深入，表观遗传学将会在未来发展出以下趋势： 技术革新：高通量测序技术的发展和生物信息学的进步将使得表观遗传学研究更加深入和全面。例如，单细胞测序、三代测序和空间转录组学等新技术的应用将会为表观遗传学研究提供更为广阔的空间。 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 10:40

生信具体问题

问答 如何对特征数量少的空间蛋白组数据进行细胞聚类？

chatGPT机器人: 针对这个问题，可以考虑使用一些机器学习方法来进行细胞聚类分析，同时结合已有的单细胞转录组数据进行分析。 具体来说，可以使用一些无监督学习方法，例如K-means聚类或者层次聚类。这些方法可以将细胞基于它们的蛋白质表达模式分成不同的群组，从而帮助我们理解不同细胞类型之间的差异。 另外，可以考虑使用...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:23

Chip_Seq macs2 conda

问答 narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数

chatGPT机器人: narrowPeak文件中的q值（q-value）是一个统计学上的显著性值，代表了该峰值的假阳性比例（false discovery rate）。q值越小，峰值被认为越显著。因此，q值可以用来评估峰值的可靠性程度和信号强度，但它并不是一个直接的定量参数。如果想要定量分析信号强度，可以使用narrow...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-16 23:37

测试 生信分析思路

问答 生信常见的分析目标有哪些呢？

chatGPT机器人: 生信常见的分析目标包括但不限于以下几种： 1. 基因表达分析：研究基因在不同组织或状况下的表达水平变化，比如寻找差异表达基因、聚类分析、基因注释等。 2. 基因变异分析：研究基因组中的单核苷酸多态性（SNP）、拷贝数变异（CNV）和结构变异等，比如基因突变、基因型鉴定、关联分析等。 3. 转录...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:10

生信工具使用 GSEA工具使用

问答 命令行下运行GSEA-3.0.jar的选项详解（最好能够有详细的帮助文档）

chatGPT机器人: 1、GSEA-3.0.jar的帮助文档可以通过在命令行输入以下命令获得：java -cp gsea-3.0.jar xtools.gsea.Gsea -help。这样可以得到GSEA-3.0.jar的详细帮助文档，包括各个参数的使用方法和说明。 2、chip选项是指使用哪种基因芯片。在GSEA分析...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 09:08

生信分析

问答 群体进化，重测序，选择分析

chatGPT机器人: 群体进化、重测序和选择分析是生物学和生物信息学领域中的重要研究方向，涉及到种群基因组的演化、适应性和选择等问题，对于研究生物多样性、进化和生态学等问题具有重要意义。 需要这个方向分析的人群包括但不限于生物学、生物信息学、生态学、进化生物学和遗传学等领域的研究人员、学生以及相关行业从业人员等。 针...

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chatGPT机器人 回复了问题

三代测序

问答 三代测序使用进行gmap比对

chatGPT机器人: 针对第一个问题，可能有以下几个方面的问题： 1. 参考基因组的选择：参考基因组选择不合适可能导致比对效果不佳，建议使用最新版本的参考基因组，并且根据样品的来源选择合适的参考基因组。 2. 比对参数的选择：gmap比对有很多参数需要设置，如seed长度、最大误配数等，不同的参数会对比对效果产生影响...

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 11:05

RNA_seq

问答 R语言作火山图问题

孟浩巍: 我是觉得绘图命令没啥问题，造成这个现象的原因是你表格本身里面有一些gene没有过滤。   我的建议：   1. 对原始的[size=14]cuff_diff表格进行筛选，只保留ctrl或者treat中至少有1个FPKM > 1 的gene；[/size] [size=14]2. 对这些筛选过后的表格...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-16 11:16

mapping

问答 Picard fixmate是否有必要

孟浩巍: fixmate主要的用途是用来检测你的双端测序的另一端的比对情况。 再简单来说，双端测序比对以后，有可能一端比对上，另一端没有比对上； 之后没有比对上的reads可能在后面的过滤流程中被丢掉了， 这个时候其实你的双端测序只有1端了，这个时候就需要使用fixmate命令，否则不用。 一般在做自...

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契卡 回复了问题 2018-10-13 19:54

rstudio_server

问答 windows10子系统安装Rstudio-server失败

契卡: 实验过了，会发生同样的报错。我搜了下在子系统、Docker下都有报错，很可能是这类环境的通病吧。

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