获取所有基因的转录起始位点（TSS） - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

2434: 浏览

获取所有基因的转录起始位点（TSS）

基因组

如何获取hg38和hg19等不同版本基因组的所有基因的转录起始位点？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-08-21 01:47

获取所有基因的转录起始位点（TSS）

要获取不同版本基因组（如hg38和hg19）的所有基因的转录起始位点（TSS），您可以遵循以下步骤：

下载相应版本的基因组序列文件：

对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz）下载hg38版本的基因组序列文件。
对于hg19版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.fa.gz）下载hg19版本的基因组序列文件。

下载相应版本的基因注释文件：

对于hg38版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refGene.txt.gz）下载hg38版本的基因注释文件。
对于hg19版本，您可以从UCSC Genome Browser（https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gz）下载hg19版本的基因注释文件。

解压下载的文件：

将基因组序列文件和基因注释文件解压缩到合适的文件夹中。

使用相应的生物信息学工具进行分析：

您可以使用生物信息学工具（如BEDTools、Bioconductor包中的GenomicRanges等）来提取基因注释文件中的转录起始位点信息。
通过解析基因注释文件，您可以获取每个基因的转录起始位点信息，通常在基因注释文件中的"txStart"列中提供。

通过以上步骤，您可以获取到不同版本基因组的所有基因的转录起始位点（TSS）。

赞同 0 0评论

关于作者

: Painter 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-08-21 01:38

更新时间: 2023-08-21 01:47

关注人数: 2 人关注

相关问题

一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？: 745 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 1404 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bowtie2 参考基因组注释比对: 2087 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

基因表达: 1313 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞转录因子: 1391 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 1541 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于基因对某种疾病的影响的问题: 983 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

细菌基因组分析: 1469 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

我的Rstudio所有的函数都是出现报错说没有某某某函数: 1860 浏览 5 关注 4 回答 0 评论

根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 1733 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题: 1492 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 fastANI报错，不出结果: 1664 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问基因组组装问题: 1759 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chromosome名称转换的批量处理: 1268 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问宏病毒组做binning分析: 1418 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 the accessibility of sgRNA binding to the target site是什么意思，有详细解答嘛: 1677 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问怎么从ncbi上下载gbff格式的文件: 1763 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问本地blast最理想的结果是什么: 1730 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SMC++: 1564 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问修改代码：报错Error: strip arg must be None or str: 1410 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025