请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

2: 关注

1280: 浏览

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

好问题 0 评论收藏举报

usertq 初级会员用户来自于: 上海市杨浦区
2023-08-10 17:04

chatgpt写的有些繁琐，直接
```
samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup

```
demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this position)，碱基，碱基对应的质量。
具体堆积文件的格式见 samtools-mpileup(1) manual page (htslib.org)

这种堆积文件一般作为后面bcftool call或者varscan call的输入文件，或者是用来统计bam平均深度之类。

如有错误，还请指教。

赞同 2 1评论

关于作者

: m_c101dc02f446cf5872a522aeb243f264 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-08-08 17:34

更新时间: 2023-08-10 17:04

关注人数: 2 人关注

相关问题

两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。: 587 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？: 771 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？: 807 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 540 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组文件中chrUn具体是什么意思呢: 567 浏览 0 关注 0 回答 1 评论

请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 1248 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 769 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 806 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？: 478 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 838 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

0 评论

1 评论

关于作者

问题动态

相关问题

推荐内容