请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

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请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

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usertq 初级会员用户来自于: 上海市杨浦区
2023-08-10 17:04

chatgpt写的有些繁琐，直接
```
samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup

```
demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this position)，碱基，碱基对应的质量。
具体堆积文件的格式见 samtools-mpileup(1) manual page (htslib.org)

这种堆积文件一般作为后面bcftool call或者varscan call的输入文件，或者是用来统计bam平均深度之类。

如有错误，还请指教。

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发布时间: 2023-08-08 17:34

更新时间: 2023-08-10 17:04

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