请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

2: 关注

2575: 浏览

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

好问题 0 评论收藏举报

usertq 初级会员用户来自于: 上海市杨浦区
2023-08-10 17:04

chatgpt写的有些繁琐，直接
```
samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup

```
demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this position)，碱基，碱基对应的质量。
具体堆积文件的格式见 samtools-mpileup(1) manual page (htslib.org)

这种堆积文件一般作为后面bcftool call或者varscan call的输入文件，或者是用来统计bam平均深度之类。

如有错误，还请指教。

赞同 2 1评论

关于作者

: m_c101dc02f446cf5872a522aeb243f264 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-08-08 17:34

更新时间: 2023-08-10 17:04

关注人数: 2 人关注

相关问题

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1771 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1335 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 1363 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？: 1546 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问哪位老铁有ADMIXTURE的软件包吗？原网址UCLA的软件下载界面访问不了: 1962 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？: 913 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 1521 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 1890 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？: 2002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 1836 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

0 评论

1 评论

关于作者

问题动态

相关问题

推荐内容