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请问在不考虑测序质量的情况下,如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基?

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usertq 初级会员 用户来自于: 上海市杨浦区
2023-08-10 17:04

chatgpt写的有些繁琐,直接
```
samtools mpileup  demo.bam > demo.mpileup

```
demo.mpileup,每列分别为 :chr,pos,ref(不用-f选项会显示N),深度(Number of reads covering this position),碱基,碱基对应的质量。
具体堆积文件的格式见 samtools-mpileup(1) manual page (htslib.org)

这种堆积文件一般作为后面bcftool call或者varscan call的输入文件 ,或者是用来统计bam平均深度之类。

 

 

 

如有错误,还请指教。

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发布时间
2023-08-08 17:34
更新时间
2023-08-10 17:04
关注人数
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