【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2605: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 1608 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2708 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1560 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 1660 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 916 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

如何判断GO号的层级？: 1462 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tsRNA测序思路求助: 1991 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何在西宁附近旅游三天: 1336 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 1521 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 1955 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问我想从蠕虫库寄生虫 (wormbase.org)上下载全部的fa文件，请问怎么样才能批量的下载，同时下载的速度可以稍微快一点: 2163 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 2324 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1560 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问安装anaconda时conda命令无法起作用: 2744 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 2184 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）: 2583 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 918 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问【求助】如何确定时期特定表达基因: 1353 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请大佬为我指明方向，感谢！！！: 2016 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问选择信号检测XP-CLR: 2861 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025