【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

1040: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 736 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 1107 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 1123 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 691 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 468 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

【求助】怎么能画出子网络图: 547 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

perl的如何进行读取和循环的: 811 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 1006 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1022 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何计算碱基偏好性？: 670 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 773 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 1097 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 1436 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 846 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？: 697 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问生信到底如何入门？？？: 1535 浏览 6 关注 6 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 1439 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 765 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问关于hub基因的问题: 547 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024