【求助】如何确定一种基因ID的类型 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

3656: 浏览

【求助】如何确定一种基因ID的类型

例如：有三种不同类型的基因ID用于描述玉米的某些基因，如何用R知道，这是属于什么类型的（symbol、ensemble...） 1. Zm00001d035139 Zm00001d025707 Zm00001d046812 Zm00001d031303 2. NR_028022.2 NR_036655.1 NM_001149456.1 XM_008650099.1 3. GRMZM2G010044 GRMZM2G175593 GRMZM2G468111 GRMZM2G152179 GRMZM2G006352 GRMZM2G133988

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 00:08

这个没有太好的办法，就是凭经验。比如你写的，第一种就特别像玉米的gene id，第二种就是RefSeq，第三种不清楚。我觉得这不是一个特别费心思的事情，首先做一个方向，常见的几种形式需要知道和熟悉，比如ensembl，比如refseq，比如ucsc。其次，看到不熟悉的gene id形式直接就google，然后找到对应命名网站学习命名规则就好。如果非要给个解决方案，可以试试DAVID，里面可以猜你的id是哪种类型。

赞同 2 0评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 22:40

更新时间: 2018-08-24 00:32

关注人数: 4 人关注

相关问题

如何计算富集分析里的差异倍数: 2103 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 2938 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？: 2034 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 3874 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何批量绘制多条折线: 2856 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 3121 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 3753 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

大咖们好！如何像群主一样优秀自带关注: 2295 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 2753 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 2175 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 2347 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 2926 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问 tsRNA测序思路求助: 2903 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问网页database: 1904 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 sc-ATAC数据质控: 2724 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 2988 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 2765 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 2308 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除数据中特异值的方法: 2706 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 tophat报错 & cufflinks安装报错: 1845 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026