信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1231: 浏览

信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

生信具体问题

信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-21 15:43

要查询信号通路特征基因集，可以考虑以下几种方法：

使用公共数据库，如KEGG、Reactome、GO等，查询与目标信号通路相关的基因集。
根据已知的信号通路调控因子，利用生物信息学方法预测该调控因子调控的基因，并将其作为信号通路特征基因集。
结合先前的实验数据，利用基因表达谱分析方法，筛选与目标信号通路相关的基因，并将其作为信号通路特征基因集。

得到信号通路特征基因集后，可以使用ssGSEA分析方法对其进行功能富集分析，以探究该信号通路在不同生物过程中的作用和调控。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-21 15:39

更新时间: 2023-06-21 15:43

关注人数: 2 人关注

相关问题

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 1234 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 1517 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

获取所有基因的转录起始位点（TSS）: 2091 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？: 1136 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于hub基因的问题: 827 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1079 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因组组装问题: 1591 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 1220 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

选择信号检测XP-CLR: 2355 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2128 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1426 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1429 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 IOBR包输入基因表达矩阵要求: 1107 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数: 1944 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问聚类分析问题: 1648 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads: 1080 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究: 1269 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体内同源基因的所有变异: 1004 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 hmmsearch和hmmscan: 1697 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 MCPcounter输入TCGA矩阵的要求？: 1135 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025