GEOquery下载GEO数据软件报错 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

4092: 浏览

GEOquery下载GEO数据软件报错

小弟我R刚入门，正在学习使用R软件GEOquery包下载数据，使用getGEO后弹出以下错误提示： Error in get0(oNam, envir = ns) : cannot open file 'C:/Users/Kumawife/Documents/R/win-library/3.5/stringi/R/stringi.rdb': No such file or directory In addition: Warning message: In get0(oNam, envir = ns) : restarting interrupted promise evaluation 虽然报错，但是仍然在目的地文件夹里面找到了一个压缩文件：GSE36552_series_matrix.txt.gz 求各位帮忙看看怎么解决~~ 谢谢大家！

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-23 20:53

windows下这个包总是出各种各样的问题，建议使用Linux环境运行。同时，[size=14]GSE36552_series_matrix.txt.gz这个文件本身就可以读到R里面，只不过不如能生成标准的Experiment Set类型。我觉得不影响你的下游分析。[/size]

赞同 1 2评论

关于作者

: Madmax 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-23 18:57

更新时间: 2018-08-23 21:58

关注人数: 4 人关注

相关问题

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 4207 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助: 2559 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 2039 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 2659 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 1809 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1948 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

分析CRISPR 高通量筛选数据: 2607 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 2689 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

细菌的参考基因组下载: 2204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

聚类数据标准化: 2738 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1793 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 WGCNA中的TOM热图绘制: 2794 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1905 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 2507 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 2166 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问安装anaconda时conda命令无法起作用: 3439 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图: 2877 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问申博、科研: 2836 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 3398 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 3274 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025