首先，需要将所有的细菌基因组序列（fasta格式）放在一个文件夹中，命名为“prokka_input”。
然后，打开终端（Terminal）并输入以下命令：
```
prokka --outdir prokka_output --prefix output --locustag PREFIX prokka_input/*.fasta
```
其中，“--outdir”指定输出文件夹的名称，“--prefix”指定输出文件的前缀，“--locustag”指定注释结果中的基因名称前缀，而“prokka_input/*.fasta”则指定注释的所有基因组序列文件。
注：在执行此命令之前，请确保已安装Prokka软件，并且已在环境变量中配置Prokka。
执行完命令后，将会在当前目录下生成一个名为“prokka_output”的文件夹，其中包含所有基因组的注释结果。
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