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整合scRNA和scATAC相关问题请教

单细胞RNA_seq

目前有一组scATAC数据（10k细胞），还有几组scRNA数据（共50k细胞），想要整合在一起。

请教大佬，有没有推荐的工具可以一次性整合scRNA多个样本和scATAC，去除scRNA批次效应的同时也整合scATAC。

另外有没有大佬用过liger这个包，上述数据在用它整合的时候，scaleNotCenter这一步巨慢一夜都没完成（之前1个scATAC1个scRNA的时候记得挺快的），有大佬知道是什么原因吗？

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前台管理员用户来自于: 北京市
2023-05-27 17:24

如果只是考虑运行速度问题，可以尝试用pyliger进行整合。

但你是不是可以先做scRNA的整合，然后利用整合完的scRNA dataset与scATAC进行整合？

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发布时间: 2023-05-27 11:33

更新时间: 2023-05-29 10:46

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