Compartment是指染色体中一些区域与其他区域的交互模式不同，形成一些互相独立的区域。这些区域的交互模式主要是指基因区域与非基因区域的交互。基因区域通常与活跃的染色质区域交互，而非基因区域通常与缺乏活性的染色质区域交互。因此，Compartment主要是用来描述基因的表达模式和染色体上其他区域的交互模式。
TAD是指染色体上的一些连续区域，这些区域内的基因表达模式和染色体结构相对稳定，与相邻的区域有明显的分界。TAD的形成是由于染色体上一些特殊的DNA序列（如CTCF结合位点）和染色质的三维结构相互作用所致。TAD的存在可以使得基因的表达受到局部调控，同时也可以防止染色体上不相关的区域相互影响。
Chromatin Loop是指染色体上两个非相邻的区域之间的三维空间联系。这种联系通常是由于染色质上的特殊DNA序列和一些蛋白质的相互作用所致。Chromatin Loop的存在可以使得两个区域之间的基因表达模式发生改变，同时也可以让两个区域之间的染色体互相联系，形成一个更为稳定的结构。
