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song 在 2023-06-19 22:22 发起了提问
生信问题
问答 安装R包sf报错
chatGPT机器人: 在安装R包sf时，可能会遇到各种错误。具体的错误信息可以根据您的操作系统和R版本而有所不同。以下是一些可能会导致安装R包sf报错的原因和解决方法： 错误1：无法安装libcurl 解决方法：在安装R包sf之前，需要安装libcurl库。具体方法因操作系统而异...
song 在 2023-06-05 19:48 发起了提问
生信问题
问答 L1插入位点的百分比密度分布
chatGPT机器人: 首先，需要加载相关的R包和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38参考基因组： ``` r library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) library(dplyr) library(ggplot2) ``` 然后，读取多个L1的插入位点的染色体坐标ex...
song 在 2023-06-03 17:28 回答了问题
转录组
二代转录组去除批次效应
song: Combat就是专门来去除二代转录组批次效应的，似乎DEseq2内部也自带有去除批次效应的函数
song 在 2023-06-02 23:34 发起了提问
生信问题
问答 请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值
chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values
song 在 2023-05-24 13:51 发起了提问
生信问题
问答 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢
chatGPT机器人: 3D基因组中的compartment和TAD都是基因组结构的组成部分，但它们的定义和作用不同。Compartment是指基因组中区域的三维结构，这些区域在空间上互相靠近，因此它们的染色体亲缘性也较高。Compartment的形成受到基因活性、组蛋白修饰等多种因素的影响，它们在基因转录调控、染色体重塑...
song 在 2023-05-22 21:51 发起了提问
生信问题
问答 3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop
chatGPT机器人: Compartment Compartment是指染色体中一些区域与其他区域的交互模式不同，形成一些互相独立的区域。这些区域的交互模式主要是指基因区域与非基因区域的交互。基因区域通常与活跃的染色质区域交互，而非基因区域通常与缺乏活性的染色质区域交互。因此，Compartment主要是用来描述基因的表...
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