来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3144: 浏览

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

赞同 0 0评论

关于作者

: tzjzzrz 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

关注人数: 2 人关注

相关问题

【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-: 2488 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 3224 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq差异分析: 2699 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 2471 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法: 3355 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 2802 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

不同样品中寻找特异的OTU: 3062 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2934 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 2524 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 2877 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 5183 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问复现: 2333 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 3232 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 6922 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 3827 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 DiffBind 标准化数据: 2709 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 3045 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 2346 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cox: 2510 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组组内样本差异大: 3481 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026