在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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获取所有基因的转录起始位点（TSS）

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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关于几个数据库对GO注释的疑问

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当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？

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关于蛋白质文件的疑问

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表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

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基因组组装问题

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