RNA-seq差异分析

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？

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两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

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【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？

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ATAC-seq与RNA-seq的联合分析

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请教多个scRNA样本整合问题

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转录组数据样本聚类结果不理想

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问 RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

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问 用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

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问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

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问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞

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问 RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

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