【求助】如何确定时期特定表达基因 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

631: 浏览

【求助】如何确定时期特定表达基因

生信入门

背景：我现在有一组数据，是关于玉米不同时期的基因reads-count，我现在首先想找到每个时期的特殊的表达基因，那么我现在有两种数据，一组是最原始的count矩阵，一组是在edgeR矫正过得数据。如下图：

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-02 10:52

1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list； 2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。 3. 还可以做个pca，然后看pca里面解释差异最大的gene都有哪些。 4. 我比较推荐用FPKM比较，或者TPM。

赞同 2 3评论

关于作者

: 徐寅生 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

10: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-02 10:44

更新时间: 2018-09-02 10:52

关注人数: 2 人关注

相关问题

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 691 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何知道自己测序的adapter序列？: 966 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

如何判断GO号的层级？: 671 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 773 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 1220 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 876 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？: 2639 浏览 13 关注 13 回答 1 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 772 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 1012 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 1020 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问安装anaconda时conda命令无法起作用: 1608 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 1126 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

问网页database: 648 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问【求助】如何确定一种基因ID的类型: 1039 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问老孟你今答题效率逆天啊，连续几个都是你在答～: 1438 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问想补充生信统计学知识: 1346 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 916 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理: 843 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 1096 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问备份: 581 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024