如何计算碱基偏好性？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

2316: 浏览

如何计算碱基偏好性？

我有很多段不同长度的序列，除保守区域外，某些部位会发生碱基替换，我想统计各个位置的碱基偏好性，与他们的差异表达倍数做相关性分析，不知该怎么做？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

woson 初级会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-26 22:27

你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bias index）两种方法。我的理解是你要做同一个基因不同的同义突变序列之间的差异表达倍数与密码子偏好性之间的相关性分析~~~

赞同 1 0评论

关于作者

: 小王子 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 20:21

更新时间: 2018-08-26 22:27

关注人数: 3 人关注

相关问题

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 4258 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

生信到底如何入门？？？: 4085 浏览 6 关注 6 回答 0 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 2638 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 2243 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 4612 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 3285 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下，使用conda install deeptools之后，出现如下报错，如何解决呢？: 2904 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

用户如何涨积分？: 1895 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

【求助】在Ubuntu如何上网: 3766 浏览 6 关注 5 回答 0 评论

Ubuntu 14.04 server，如何进行网络配置呢？: 2199 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 knn临近算法填补缺失值: 2099 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 2790 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问统计学，如何从入门到放弃？: 2157 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 lasso回归交叉验证: 2409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 lassohuigui: 2099 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Min-Max标准化: 2355 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问时间依赖的 roc 原理 time-dependent receiver operating characteristic (ROC): 1691 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026