如何计算碱基偏好性？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1353: 浏览

如何计算碱基偏好性？

我有很多段不同长度的序列，除保守区域外，某些部位会发生碱基替换，我想统计各个位置的碱基偏好性，与他们的差异表达倍数做相关性分析，不知该怎么做？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

woson 初级会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-26 22:27

你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bias index）两种方法。我的理解是你要做同一个基因不同的同义突变序列之间的差异表达倍数与密码子偏好性之间的相关性分析~~~

赞同 1 0评论

关于作者

: 小王子 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 20:21

更新时间: 2018-08-26 22:27

关注人数: 3 人关注

相关问题

有台Dell工作站，如何配置成服务器: 1391 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 2030 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 1644 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

大咖们好！如何像群主一样优秀自带关注: 1376 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1713 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。: 1206 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA: 1303 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方: 1377 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 1459 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？: 1312 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问统计学，如何从入门到放弃？: 1359 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问时间依赖的 roc 原理 time-dependent receiver operating characteristic (ROC): 1257 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 lasso回归交叉验证: 1546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 knn临近算法填补缺失值: 1304 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 log2后的数据进行Wilcoxon秩和检验对结果存在什么影响？: 1745 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Min-Max标准化: 1467 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 lassohuigui: 1229 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025