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如何计算碱基偏好性？

我有很多段不同长度的序列，除保守区域外，某些部位会发生碱基替换，我想统计各个位置的碱基偏好性，与他们的差异表达倍数做相关性分析，不知该怎么做？

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woson 初级会员用户来自于: 广东省广州市
2018-08-26 22:27

你的很多长度不同的序列是指不同长度的不同基因的序列还是同一个基因的不同长度的序列？你这里说的碱基偏好性应该是指codon usage bias，即密码子的偏好性吧？如果你是计算密码子的偏好性的，有RSCU（relative synonymous codon usage）和CAI（codon bias index）两种方法。我的理解是你要做同一个基因不同的同义突变序列之间的差异表达倍数与密码子偏好性之间的相关性分析~~~

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发布时间: 2018-08-24 20:21

更新时间: 2018-08-26 22:27

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