用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

1548: 浏览

用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

赞同 3 6评论

关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

7: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

关注人数: 4 人关注

相关问题

RNA-seq logFC与pvalue: 1009 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 1452 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bulk-RNAseq数据集整合: 1671 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

sRNA_seq分析: 935 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1135 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 1028 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq绘制TSS富集图: 2246 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 1171 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于DESeq2样本聚类的问题: 1122 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？: 1092 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 1734 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问求助，安装DESeq2遇到问题: 1020 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GEOquery下载GEO数据软件报错: 1874 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

问利用GATK的HaplotypeCaller生成GVCF一直报错怎么回事: 1668 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 1333 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux系统中使用fastqc报错: 2159 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问转录组数据样本聚类结果不理想: 1373 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问分析CRISPR 高通量筛选数据: 1630 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 2003 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025