用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2632: 浏览

用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

赞同 3 6评论

关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

7: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

关注人数: 4 人关注

相关问题

RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？: 1986 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何利用利用TPM或者FPKM完成DESeq2完成的工作?: 2815 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

rna-seq数据校正: 2217 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID: 2094 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 2388 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ciriRNA表达量如何计算？: 2481 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 2708 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问一个关于miRNA ID的问题: 1415 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 2465 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何从NCBI上分别下载所有的RNA病毒和DNA病毒的序列: 2966 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 2536 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux系统中使用fastqc报错: 3189 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 2747 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 1824 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问画heatmap出现错误提示: 1497 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

问科研/读博: 2465 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 bowtie2使用报错，求助啦: 2369 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025