用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

850: 浏览

用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

赞同 3 6评论

关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

7: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

关注人数: 4 人关注

相关问题

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 876 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 776 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 934 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 1287 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 770 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA.fold_compound(seq)如何改进提升: 828 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

网上下载的DNA sequence 为什么前面和后面有一段N是什么意思？: 691 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 742 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程: 1150 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq count值和fpkm值不对应: 1314 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 713 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问科研/读博: 831 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥）: 686 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation: 986 浏览 4 关注 3 回答 1 评论

问 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 964 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 R进行GO时出现No gene can be mapped....: 942 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

问关于ggplot2画条图的问题: 590 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问分析CRISPR 高通量筛选数据: 969 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 1015 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024