在进行ChIP-seq、CUT&RUN等单细胞实验时，是否需要使用对照样本来进行峰值分析（peak calling）取决于具体的研究目的和实验设计。
对于ChIP-seq和CUT&RUN等染色质免疫沉淀实验，通常需要使用对照样本来辅助峰值分析。对照样本可以是输入DNA或者非特异性抗体的控制样本。通过与对照样本进行比较，可以帮助鉴定实验样本中的特异性信号，过滤掉背景噪音，同时还可以帮助确定峰值的阈值和统计学显著性。
对于RNA-seq的峰图分析，一般不需要使用对照样本进行峰值分析，因为RNA-seq主要用于测量转录本的表达水平，而不是染色质上的结合位点。在RNA-seq中，常使用其他方法如差异表达分析来鉴定显著的基因表达差异。
总结而言，单细胞的ChIP-seq、CUT&RUN等实验通常需要使用对照样本进行峰值分析，而RNA-seq的峰图分析则通常不需要使用对照样本。然而，具体是否需要对照样本还应根据实验设计和研究目的来决定。
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