在Monocle3中，可以使用`plot_cells`函数来显示细胞轨迹，但是目前该函数没有直接支持自定义细胞群颜色的参数。不过，我们可以通过修改细胞数据集（CellDataSet）中的`color_cells`属性来实现自定义细胞群颜色的目的。 具体步骤如下： 1. 首先，确保你的细胞数据集（CellDataSet）中包含一个名为`color_cells`的列。如果没有，请添加该列并为每个细胞指定一个颜色值。 2. 修改细胞数据集（CellDataSet）中的`color_cells`列，将每个细胞的颜色值设为你想要的颜色。 3. 使用`plot_cells`函数来显示细胞轨迹。这时，函数会根据`color_cells`列中的颜色值来显示细胞的颜色。 下面是一个示例代码，展示了如何自定义细胞群颜色： ```python # 导入所需的库 import monocle3 as m3 # 创建一个细胞数据集（CellDataSet） cds = m3.CellDataSet() # 添加细胞数据到数据集中 # ... # 自定义细胞群颜色 cds.color_cells = ["red" if cell_type == "group1" else "blue" for cell_type in cds.cell_type] # 显示细胞轨迹 m3.plot_cells(cds) ``` 在上面的示例中，我们假设细胞群1的颜色为红色，细胞群2的颜色为蓝色。根据细胞类型（`cell_type`）来设置每个细胞的颜色值，然后传递给`color_cells`属性。 请注意，这只是一种示例，你可以根据自己的需求修改细胞群颜色的逻辑。

在plot_cells后面加上 &  scale_colour_gradientn(colours = rev(brewer.pal(n = 11, name = "Spectral"))) 试试。