sRNA_seq分析 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

603: 浏览

sRNA_seq分析

RNASeq数据处理

如何将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-11 13:30

要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据参考基因组注释文件，筛选出具有特定功能的RNA类别，例如tRNA、snoRNA等。这些注释文件可以从一些公共数据库（如Ensembl、UCSC等）中获取。 3. 筛选siRNA：根据sRNA的长度和特定的序列特征，筛选出siRNA。siRNA通常具有长度为20-24个核苷酸，且在某些位置上具有特定的序列特征，例如5'端起始于U（尤其是5'端U单核苷酸）。 4. 去除重复序列：在进行sRNA分析时，可能会出现重复序列，这可能是技术上的重复或PCR扩增引起的重复。为了准确计算表达水平，需要去除这些重复序列。 5. 表达水平计算：对于筛选出的siRNA，可以使用一些工具（例如HTSeq、featureCounts等）来计算其表达水平。这些工具可以将siRNA映射回参考基因组，并计算每个siRNA的表达数量。通过以上步骤，可以将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，并得到筛选出的siRNA的表达水平。这样可以更好地理解小RNA的功能和调控机制。

赞同 0 0评论

关于作者

: wydsqgg 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-09-11 13:16

更新时间: 2023-09-11 13:30

关注人数: 2 人关注

相关问题

用atac-seq数据计算的TSS enrichment score: 1318 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图: 690 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

肿瘤亚型分析: 890 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 964 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 793 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 1042 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 1456 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

cellranger运行结果分析: 817 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 897 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1077 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图: 690 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 1050 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 210 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 RNA-seq差异分析: 927 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 724 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 RNA-seq count值和fpkm值不对应: 1440 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问想问一个RNA-Seq的流程问题: 745 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。: 732 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1304 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq logFC与pvalue: 589 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024