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snakemake空运行时出现的问题

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-09-09 19:19
这个错误的原因是在运行snakemake时,指定的输出文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz`没有生成。可能的原因是输入文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/01Rowdata/Control_1.fastq.gz`不存在或者路径不正确。 你可以检查以下几个方面来解决这个问题: 1. 确保输入文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/01Rowdata/Control_1.fastq.gz`存在,并且路径正确。 2. 检查输出文件路径`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz`是否正确,包括文件名和目录路径。 3. 确保输出文件的目录`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/`已经存在,如果不存在,需要先创建该目录。 如果以上步骤都没有问题,还可以尝试在命令行中手动运行该命令,以确认是否可以成功生成输出文件: ```bash source /public/software/anaconda3/env.sh source activate /public/home/guoting/.conda/envs/rnaseq fastp --thread=15 -I /public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/01Rowdata/Control_1.fastq.gz -O /public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz --compression 4 -q 25 -l 30 2>/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/log/test1.fastp.log ``` 如果手动运行命令也无法生成输出文件,可能是fastp命令本身出现了问题,可以检查fastp的安装和配置是否正确。 希望这些解决方案能够帮助你解决问题!

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发布时间
2023-09-09 19:09
更新时间
2023-09-09 19:19
关注人数
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