unicycler混合拼接结果是否还需要纠错

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生信具体问题

我分别使用unicyclerv0.4.8和unicyclerv0.5.0,对二代和三代细菌基因组数据进行混合拼接。我知道0.5.0版本比0.4.8版本要少了pilon的纠错。拼接结果都成环了，我利用Busco进行了评估。下面是评估结果

V0.4.8

***** Results: *****

C:98.4%[S:97.6%,D:0.8%],F:1.6%,M:0.0%,n:124

122Complete BUSCOs (C)

121Complete and single-copy BUSCOs (S)

1Complete and duplicated BUSCOs (D)

2Fragmented BUSCOs (F)

0Missing BUSCOs (M)

124Total BUSCO groups searched

Assembly Statistics:

4Number of scaffolds

4Number of contigs

2547369Total length

0.000%Percent gaps

2 MBScaffold N50

2 MBContigs N50

V0.5.0

***** Results: *****

C:98.4%[S:97.6%,D:0.8%],F:1.6%,M:0.0%,n:124

122Complete BUSCOs (C)

121Complete and single-copy BUSCOs (S)

1Complete and duplicated BUSCOs (D)

2Fragmented BUSCOs (F)

0Missing BUSCOs (M)

124Total BUSCO groups searched

Assembly Statistics:

4Number of scaffolds

4Number of contigs

2547303Total length

0.000%Percent gaps

2 MBScaffold N50

2 MBContigs N50

请问我后续还需要用其他软件（nextpolish等）进行纠错吗？

unicycler两个版本的结果哪一个更为好一些？

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-09-03 23:54

根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F），没有缺失的BUSCOs（M）。此外，两个版本的拼接结果的组装统计信息也相同，包括4个scaffold，4个contig，总长度为2,547,369 bp，没有间隙（0.000%）。根据提供的信息，unicycler v0.5.0相比v0.4.8少了pilon的纠错步骤，但在BUSCO评估和组装统计方面，两个版本的结果并没有明显差异。基于以上信息，根据当前已提供的结果，可以得出以下结论： 1. 在混合拼接结果成环且BUSCO评估结果没有明显差异的情况下，目前不需要使用其他软件（如nextpolish）进行纠错。 2. 基于目前提供的信息，无法确定unicycler v0.4.8和v0.5.0哪个版本更好。因为两个版本的拼接结果在BUSCO评估和组装统计方面表现相似，没有明显的优劣之分。请注意，以上结论基于当前提供的信息，可能会有其他因素或数据未被考虑，因此最终的决策应综合考虑其他因素，并进行更全面的评估和比较。

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: BYXU123 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-09-03 23:49

更新时间: 2023-09-03 23:54

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