ROSE包分析Super Enhancer - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

936: 浏览

ROSE包分析Super Enhancer

从encode 下载的标准化处理的 bam 进行 MACS peak calling, 再进行ROSE 后得到的结果很好，但是我从geo下载的原始SRA数据自己进行处理，到bam进行ROSE 后，得到的相关SEs 文件只有表头，内容是空的是为什么

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-29 10:47

首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因：

数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。
数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到后续的分析结果。您可以使用质量控制工具，如FastQC，来评估原始数据的质量，并根据结果进行相应的处理。
参数设置问题：在运行ROSE时，您可能需要根据您的数据特点进行适当的参数设置。不同的数据集可能需要不同的参数设定，您可以尝试调整参数，以获得更好的结果。
数据量问题：原始SRA数据的量可能相对较少，可能无法获得足够的信息来识别Super Enhancer。您可以尝试使用更多的样本或增加测序深度来提高数据量。

综上所述，您可以仔细检查数据处理步骤，评估原始数据的质量，调整ROSE参数，并尝试增加数据量来解决从GEO下载的原始SRA数据进行ROSE分析后得到空结果的问题。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2023-06-29 10:32

更新时间: 2023-06-29 10:47

关注人数: 2 人关注

相关问题

ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 97 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

甲基化分析: 646 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 771 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 876 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索: 495 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID: 748 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

sRNA_seq分析: 525 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

生存分析KM-plot问题: 893 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？: 714 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？: 480 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

推荐内容

问 ROSE算法寻找SEs: 705 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Chip-seq bam文件的处理: 1420 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 1118 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 1437 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问数据不平衡: 651 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 aspera SRA 数据批量下载: 1025 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。: 577 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

问 conda频道配置: 684 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024