为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

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为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？

基因组注释

NCBI提供的人类基因组注释GRch38.p12中1号染色体基因数量有5109个，rRNA17，tRNA90。但是ensemble提供的注释coding genes 2047 noncoding genes 1964个

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生物坑1号注册会员用户来自于: 海南省
2018-08-25 12:12

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-25 13:04

因为两个组织注释的方法不同啊！如果你都打开hg38，比较每一条染色体的长度和具体信息，都是完全一致的。 gene注释的话，NCBI应该是RefSeq + 部分预测， Ensembl是自己的Havana + 部分预测，方法和策略都不相同。数目的差异主要集中在lncRNA等非编码RNA的数量上。所以，如果你有兴趣，比较一下protein coding gene的数目，那两者应该是几乎完全一样的。

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发布时间: 2018-08-25 12:10

更新时间: 2018-08-25 13:04

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