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请问chipseq中一共一般有多少峰,可以认为实验是比较靠谱的呢。我做的结果平均每个样本总的peak只有两三千,另外差异peak的阈值怎么选呢
2 回答
不同的目标蛋白,ChIP-seq的peak数目肯定不同。
具体你这个蛋白是多少,可以看看前人文献,也可以看看公共数据。
另外,选择call peak的阈值时,找出来peak以后要IGV截图看看,是不是真的看上去像个peak,如果阈值选择好了以后,虽然call出来3000个峰,但是随机选300个,都不怎么像,那就说明你cutoff选的不对。
这家伙很懒,还没有设置简介
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