celseq2转换单细胞原始数据 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1000: 浏览

celseq2转换单细胞原始数据

单细胞RNA_seq

celseq2具体如何构建，我按照教程始终报错，请问有人成功过吗？

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-05-29 16:21

是一种单细胞转录组测序技术，它的构建包括以下步骤：

细胞捕获与分离：celseq2使用微流控芯片对单个细胞进行捕获和分离，确保每个细胞由一个微小的反应室包裹。
细胞裂解：将细胞裂解并提取RNA。
原位翻转转录：celseq2使用一种独特的原位翻转转录方法，使得RNA被转录成为互补链，并带有随机的分子条形码，这些条形码可以用于区分来自不同细胞的RNA。
扩增：进行PCR扩增，扩增的产物含有每个细胞的RNA和分子条形码信息。
文库构建和测序：将扩增产物进行文库构建并进行高通量测序，得到单细胞转录组数据。关于celseq2转换单细胞原始数据的问题，可能会出现多种问题，如样本准备、实验操作等方面。

如果您始终报错，您可以先检查实验操作是否正确，是否有样本污染等可能的问题。如果问题依然存在，您可以参考其他实验室的操作流程或联系技术支持获取更多帮助。

赞同 0 1评论

liuzj039 注册会员用户来自于: 广东省
2023-06-06 11:18

你倒是说一声你用什么跑的啊。

Starsolo，UMItools什么都能跑。

我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。

赞同 0 0评论

关于作者

: Han1024 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-29 16:18

更新时间: 2023-06-06 11:18

关注人数: 2 人关注

相关问题

chromosome名称转换: 792 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）: 1073 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 1084 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞转录因子: 850 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗: 908 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞多样本熵分析样例代码: 842 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞seurat对象的基因过滤: 2796 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1133 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录本坐标转换成基因组坐标: 1206 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？: 1213 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色: 1217 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于scrublet的使用: 1148 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 817 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞——小鼠T细胞注释的markers: 973 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 909 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问整合scRNA和scATAC相关问题请教: 1175 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问 Monocle3绘制自定义轨迹错误: 1274 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性: 1023 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024