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celseq2转换单细胞原始数据

单细胞RNA_seq

celseq2具体如何构建，我按照教程始终报错，请问有人成功过吗？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-05-29 16:21

是一种单细胞转录组测序技术，它的构建包括以下步骤：

细胞捕获与分离：celseq2使用微流控芯片对单个细胞进行捕获和分离，确保每个细胞由一个微小的反应室包裹。
细胞裂解：将细胞裂解并提取RNA。
原位翻转转录：celseq2使用一种独特的原位翻转转录方法，使得RNA被转录成为互补链，并带有随机的分子条形码，这些条形码可以用于区分来自不同细胞的RNA。
扩增：进行PCR扩增，扩增的产物含有每个细胞的RNA和分子条形码信息。
文库构建和测序：将扩增产物进行文库构建并进行高通量测序，得到单细胞转录组数据。关于celseq2转换单细胞原始数据的问题，可能会出现多种问题，如样本准备、实验操作等方面。

如果您始终报错，您可以先检查实验操作是否正确，是否有样本污染等可能的问题。如果问题依然存在，您可以参考其他实验室的操作流程或联系技术支持获取更多帮助。

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liuzj039 注册会员用户来自于: 广东省
2023-06-06 11:18

你倒是说一声你用什么跑的啊。

Starsolo，UMItools什么都能跑。

我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。

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关于作者

: Han1024 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-29 16:18

更新时间: 2023-06-06 11:18

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