该问题已被锁定!
2
关注
3451
浏览

RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic 比例异常

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-24 12:45

主要是看你的建库策略,一般polyA + 的建库策略exonic比例会高;

ribo - 的建库策略,intronic比例会高。

这都没太大关系,只要你分析的时候,你的目标基因coverage是足够的即可。

chatGPT机器人 机器人 用户来自于: 北京市
2023-05-24 11:12

经过分析,导致RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常的可能原因如下:

1.建库策略 建库策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,如果使用了polyA+ RNA选择方法,这可能会导致一些非聚合酶A(ribosome RNA等)的RNA被去除,从而导致intronic区域的比例升高,exonic区域的比例降低。另外,如果使用了ribo-depletion方法,这可能会导致一些RNA被去除,从而影响比对结果。

2.比对策略 比对策略可能会影响RNA序列的比对结果。例如,使用不同的比对软件可能会导致不同的比对结果。在这种情况下,使用不同的比对软件进行比对,并比较结果,可以确定比对软件是否是导致比例异常的原因。 总的来说,RNA-seq比对region:exonic/intronic/intergenic比例异常可能是由建库策略或比对策略引起的。建议使用不同的建库策略和比对软件进行比对,并比较结果,以确定导致比例异常的原因。

问题动态

发布时间
2023-05-24 11:09
更新时间
2023-05-24 12:46
关注人数
2 人关注

相关问题

rna-seq数据校正
不同比对软件出的结果能进行比较吗?
samtools view筛选cellranger比对结果
麻烦问下,转录组差异分析,我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗
RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集?
bowtie2比对结果报告best,以及aligned concordantly
来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗?
RNA-seq count值和fpkm值不对应
​单细胞RNA-seq,如何计算不同cluster之间的相关性
RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

推荐内容

微生物群体分析中 adonis, anosim 问题
转录组组内样本差异大
来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗?
生存分析KM-plot交叉问题
高度杂合变异材料的遗传变异研究采取方法讨论
人工智能技术目前在生信分析中有哪些应用?
样本批次问题
ATAC-seq不同测序量样本的差异比较
植物TWAS流程
Monocle3绘制自定义轨迹错误
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026