使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错Mapping left_kept_reads to genome xxxx with Bowtie [FAILED]，原始代码
tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 10 -G knownGene.gtf -o tophat hg19_bowtie2_index RNA_seq.fastq
bamToFastq -i tophat/unmapped.bam -fq tophat/unmapped.fastq
tophat2 -o tophat_fusion -p 15 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq2 回答
首先，报错信息提示是在使用Bowtie1时出错了，具体是在Mapping leftkeptreads to genome xxxx with Bowtie这一步。可能的原因有以下几点：
Bowtie1的index文件有误，需要重新生成或者下载正确的index文件；
输入的fastq文件有误，需要检查文件格式或者重新下载；
服务器或者计算机资源不足，需要增加内存或者CPU。
针对以上可能的原因，可以采取以下解决措施：
检查Bowtie1的index文件是否正确，如果不正确需要重新生成或者下载正确的index文件；
检查输入的fastq文件格式是否正确，如果不正确需要重新下载；
如果计算机资源不足，可以增加内存或者CPU，或者使用更高配置的计算机。
另外，建议在运行代码之前先检查一下所需软件和依赖是否已经正确安装，并且检查文件路径和文件名是否正确。 以下是可能的解决方案：
shell bowtie-build reference.fa index_name
shell fastqc RNA_seq.fastq
shell tophat2 -o tophat_fusion -p 30 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search hg19_bowtie1_index tophat/unmapped.fastq
以上是我对这个问题的解答，希望能对你有所帮助。
目前只看报错不能判断问题。
chatGPT的回答有一定的参考性，我有几方面的建议。
1. 考虑是不是index有问题，就是用测试数据是否能跑通？
2. 是不是能复现这个问题，就是每次运行都报这个错误，能否定位到具体是哪个reads引发的报错？
能复现错误，之后才好进一步排查。
这家伙很懒，还没有设置简介
