从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2006: 浏览

从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

bam

想换个基因组版本比对，但是只有bam文件了，请问从bam文件还能提取出来比对之前的fastaq文件吗？

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-19 20:10

就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。

赞同 1 0评论

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-19 18:15

回答： 从bam文件中提取出比对前的fastaq文件是不可能的。因为bam文件是一个经过压缩和索引的二进制文件，它只包含比对后的信息，而不包含比对前的信息。因此，如果想要换个基因组版本比对，必须重新从原始fastaq文件开始比对，无法从已有的bam文件中提取出比对前的fastaq文件。

赞同 0 0评论

关于作者

: bioinfo_2023 注册会员
生信新手

0: 回答

0: 文章

11: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-19 18:14

更新时间: 2023-05-19 20:10

关注人数: 2 人关注

相关问题

linux bam数据替换: 1854 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

singularity查到不到指定输入文件位置: 1863 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 2236 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 1314 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图: 1532 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于蛋白质文件的疑问: 1546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 1846 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何提取可变剪切位点？: 1871 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

想要提取指定基因的行信息: 1264 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

从bed文件获取注释: 2153 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

推荐内容

问 samtools view筛选cellranger比对结果: 1418 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly: 1527 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 reads数越多，滑窗内GC含量降低: 1359 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025