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用atac-seq数据计算的TSS enrichment score

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-17 14:28

首先,TSS enrichment score是用来衡量某个基因的转录起始位点(TSS)在ATAC-seq数据中的富集程度的。计算TSS enrichment score时,通常会将基因的TSS定义为起点,然后计算在一定距离范围内(例如2kb)ATAC-seq信号的富集程度。

对于问题中提到的情况,纵坐标不是从1开始的,这可能是由于computeMatrix计算过程中使用的是默认参数,将所有信号值都转换为正数。因此,得到的图中信号值的最小值可能不是1。

为了确保TSS enrichment score的计算正确,可以通过以下步骤进行:

  1. 将bigwig文件中的信号值转换为正数。
  2. 将信号值归一化,使其范围在0到1之间。
  3. 将信号值按照距离TSS的远近进行排序。
  4. 计算在一定距离范围内的信号值的平均值,并将其除以全局平均信号值,得到TSS enrichment score。

通过以上步骤,可以确保得到的TSS enrichment score是正确的,同时也可以保证纵坐标从1开始。

孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-05-17 14:46

ChatGPT回答得挺好……

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发布时间
2023-05-17 14:18
更新时间
2023-05-17 14:46
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