最近做的GO、KEGG分析感觉结果不是很好，而且实验室老师说现在主要看的都是GSEA分析，GSEA分析的数据更加可靠，所以最近在学习如何进行GSEA富集分析，如果用R包的clusterprofile也不是不可以，但是自己实验室老师希望还是能够跟别人一样，在命令行使用Gsea-3.0.jar来进行基因富集分析，主要的问题是： 1、求助gsea-3.0.jar的详细参数的使用方法（不知道如何查看gsea-3.0.jar的帮助文档，使用java -cp gsea-3.0.jar -help我好像只能够查到java的使用方法，而不是gsea-3.0.jar的使用方法，无法得到具体的各种参数的使用介绍。） 2、根据网上以及自己老师曾经使用过的脚本，大体参数如下 [code]collapse true mode Max_probe norm meandiv nperm 1000 permute phenotype rnd_type no_balance scoring_scheme weighted rpt_label my_analysis metric Signal2Noise sort real order descending chip HG_U95Av2 include_only_symbols true make_sets true median false num 100 plot_top_x 20 rnd_seed timestamp save_rnd_lists false set_max 500 set_min 15 zip_report false gui false[/code][code] 这些个选项中，我最想要知道的是chip选项，据说是跟基因芯片有关，我希望能够专门的解释一下chip数据到底是有何作用，再就是，这个chip数据可以在ensemble上下载，这个chip数据到底有什么用？[/code][code]3、求助一下做GSEA分析的时候对于gmt选择的问题，我发现在用gseapy（此处不是用的Gsea-3.0.jar）使用自己的数据可以利用c2、c3但是无法使用msigdb_v6.2.xml,希望能够介绍一下这写gmt数据的区别，以及各自的应用领域，最后希望知道，有什么gmt文件是特别全的那种的么，虽然处理的速度可能会慢很多，但是，可能比较节省脑子 [/code]