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请问一下,如何根据基因名批量下载CDS区的序列?
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请问一下,如何根据基因名批量下载CDS区的序列?
CDS序列的批量下载
目前我使用的是entrz-direct软件,进行的下载,但是只能做到mRNA序列的批量下载,还做不到CDS的批量下载。 我的代码是 esearch -db nucleotide -query NM_010162 | efilter -query '"Mus"[orgn]' | efetch -format fasta 如果可以搞到CDS序列就循环一下,结果只能得到mRNA序列。 请问是方法有问题吗? 或者有没有推荐的方法?
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-10-12 20:02
这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。 [b]第1步,打开 UCSC genome browser里面的table browser;[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://genome.ucsc.edu/[/url] [attach]320[/attach] [b]第2步,设置要求的genome版本,物种参数,选择的区域,输出文件名等等;[/b] [attach]319[/attach] [b]第3步,选择获得的序列类型[/b] [attach]317[/attach] [b]第4步,输出文件[/b] [attach]318[/attach] 同理,UTR区域,蛋白序列等等都可以用这种方法下载。
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笨阿牛
初级会员
这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-10-12 19:22
更新时间
2018-10-12 20:02
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