RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

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RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

现有18组由cufflink得到的transcripts.gtf，数据样本分为WT,OE-1,OE-2三个大类，每一类下面分为处理和未处理，即WT-N，WT-treatment;OE-1-N,OE-1-treatment;OE-2-N,OE-2-treatment共6个家系，再每个家系又分别取3个生物学重复，即WT-N-1，WT-N-2，WT-N-3，WT-treatment-1，WT-treatment-2，WT-treatment-3；;OE-1-N-1，;OE-1-N-2，;OE-1-N-3，OE-1-treatment-1，OE-1-treatment-2，OE-1-treatment-3;OE-2-N-1,OE-2-N-2,OE-2-N-3,OE-2-treatment-1,OE-2-treatment-2,OE-2-treatment-3共18组数据，请问后续我该如何设计去寻找差异基因？

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Czc 注册会员用户来自于: 上海市
2018-10-03 09:28

我同意楼上的说法，主要是看你想要什么样的结果，如果你是想要看treatment和non-treatment之间的不同就分三组做，你要是想看WT、OE-1、OE-2的就可以单独的拿这三组数据做，你要是想要看整体的，就很难计算了，我曾经做过四组之间的不同的差异表达分析，我当初的想法是这样的，就是A与B比，B与C比，C与D比，然后A与C比，A与D比，B与D比，然后算的每一次比较，如果每一组比较的差异表达倍数>2（或者这个可以自己设定，有的人设定大于1.5），然后计算p值以及q值，根据不同的选择方法，一般建议是拿q值算，但是如果实在是结果太差，可以用p值计算，选择差异倍数大于2，且p或者q值<0.05的基因，每组之间每个基因symbol符合这个标准的统计次数（if语句真为1，假为0），每个基因如果在任何一组比较中表现为差异基因就被选入，那么对所有选择上的基因绘制热图，就可以得到一个比较完整的全面的在每一组每一组之间表现为明显差异的热图，我不知道这样做是否符合你的需求，反正我们这边老师看着感觉还行。

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海王坑前台管理员用户来自于: 北京市
2018-09-30 22:41

思考了一下，具体还是看自己的目的，我核心目的是比较OE后相对WT 的变化，因此需要将处理和未处理的分开；也就是18组数据分成处理和未处理分开来进行分析，也就是变成了9组数据，比如未处理的：WT-N,OE-1-N,OE-2-N，先将OE-1-N与WT比较，得到差异基因，再用OE-2-N与WT比较，得到差异基因，再取两个差异基因列表的交集；此外，处理的同理。

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: 海王坑 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-30 11:20

更新时间: 2018-10-03 09:28

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