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单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

单细胞RNA_seq

该图描述的是单细胞RNA-seq中20个cluster之间的相关性比较，如果我用R中的cor函数计算相关性，我只能得到所有细胞之间两两比较的相关性。那么采用哪种评估标准，可以用一个值或一个向量代表一个cluster的身份，并得到图中这种cluster与cluster之间的相关性呢？ [attach]248[/attach]

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-20 21:55

你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；

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发布时间: 2018-09-20 21:05

更新时间: 2018-09-20 21:55

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