WGCNA中的TOM热图绘制

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Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数

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GO、KEGG分析中的showCategory是按照什么顺序来输出对应的条目的

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SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答

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GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

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问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

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对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 如何在差异表达前消除批次效应

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