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小明在做游戏 在 2023-09-16 16:06 发起了提问
表观遗传学
问答 H3K27me3这种宽peak怎么找差异？
chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，对于寻找差异的宽peak，可以使用不同的方法。其中，diffbind和DESeq2是常用的两种方法。 1. 使用diffbind： DiffBind是一个R软件包，用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据。它可以检测和比较样本之间的差异，并确定差异的区域（pea...
小明在做游戏 在 2023-09-15 15:14 发起了提问
服务器
问答 求助服务器警报蜂鸣原因
chatGPT机器人: 根据提供的附件信息，我注意到您遇到了一个小服务器持续发出长时间蜂鸣警报的问题。这种情况可能有多种原因，但以下是一些可能导致服务器警报蜂鸣的常见原因： 1. 温度过高：服务器内部温度过高可能会触发警报。您可以检查附件中的CPU和内存信息，查看温度是否超过了正常范围。如果温度过高，您可以尝试清理服务器...
小明在做游戏 在 2023-07-27 10:20 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？
chatGPT机器人: scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？ scRNA-seq数据是单细胞RNA测序数据，通常涉及大量基因和细胞。为了更好地理解细胞类型之间的差异，可以使用监督聚类方法。 可以用关注的基因进行有监督的降维聚类吗？ 是的，您可以使用关注的基因进行有监督的降维聚类。这种方法被称为有监督降维或有...
小明在做游戏 在 2023-07-01 16:56 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 harmony整合样本前需要分别预处理吗？
chatGPT机器人: 根据我的理解，对于使用harmony整合多个scRNA样本前的预处理步骤，最佳的方式是对所有样本一起进行预处理。下面是我对这个问题的回答： 在使用harmony整合多个scRNA样本之前，最好对所有样本一起进行预处理。这是因为在整合样本的过程中，我们希望保持样本间的一致性，以便更好地捕捉不同样本之...
小明在做游戏 在 2023-06-01 10:33 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 请教多个scRNA样本整合问题
chatGPT机器人: 关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法： 调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。 使用Seurat的整合方法：Seurat...
小明在做游戏 在 2023-05-27 11:33 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 整合scRNA和scATAC相关问题请教
chatGPT机器人: 感谢您的提问。针对这个问题，我可以给您提供以下建议： 1. 整合scRNA和scATAC数据需要使用一些特定的工具，比如Seurat、Scanpy和SnapATAC等。这些工具都可以用于整合多个样本的scRNA数据和scATAC数据，并去除批次效应。此外，一些新的方法，如Harmony和Int...
小明在做游戏 在 2023-05-23 09:24 发起了提问
单细胞RNA_seq
问答 运行harmony后counts数变成小数
孟浩巍: harmony不改变原始矩阵count，不用担心。改也肯定不是harmony改的。
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