孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2023-06-14 22:11 回答了问题
Python
python脚本
孟浩巍: 提交代码的时候，不要用markdown，要用代码插入插件。重新提交一下，我再看看。
孟浩巍 在 2023-06-14 22:09 回答了问题
生信问题
使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值
孟浩巍: 估计就是你提取的时候，有extend操作。 比如你的peak是3 ~ 900， 然后上下游延伸500bp，就变成了 -497  ~ 1400 一般这种，直接剔除即可。
孟浩巍 在 2023-06-14 22:08 回答了问题
生信入门
tsRNA测序思路求助
孟浩巍: 这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。 简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping 同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。 这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。
孟浩巍 在 2023-06-14 22:06 回答了问题
转录组差异基因表达分析
绵羊转录组测序后差异表达基因太多了
孟浩巍: 你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。 另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。
匿名用户 在 2023-06-14 22:05 回答了问题
甲基化
单链短片段的建库方法
孟浩巍: 是DNA还是RNA？ 如果是RNA的话，可以去看看eCLIP的建库流程。
孟浩巍 在 2023-06-14 22:04 回答了问题
转录组
请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？
孟浩巍: 一般TF都是DNA双链结合蛋白，DNA的两条链都会对TF的binding起作用。 而且，TF一般都是有方向性的。
匿名用户 在 2023-06-07 20:38 回答了问题
生信问题
不同样品中寻找特异的OTU
孟浩巍: 这个分析可以直接找差异，在design matrix的时候设置好不同样品即可。 然后就是用热图画。 每个类别里的最特异的基因，你可以通过求样品内均值得到。
孟浩巍 在 2023-06-07 20:33 回答了问题
转录组差异基因表达分析
普通转录组的跨物种分析
孟浩巍: 能详细描述一下，什么叫跨物种进行差异分析吗？
孟浩巍 在 2023-06-07 20:32 回答了问题
生信入门
XP-CLRp
孟浩巍: 这个就是典型的sliding window的问题，在生信里很常见的。 比如你现在 0 ~ 1000Kbp（也就是1Mbp）的区间范围。按照20Kbp的窗口大小，2Kbp的步长进行滑动（sliding）。 那么你应该有下面若干区间 0 ~ 20Kbp 2 ~ 22Kbp 4 ~ 24Kbp ...
孟浩巍 在 2023-06-07 20:29 回答了问题
生信分析 生信问题 基因组
kraken2软件运行时内存分配的问题
孟浩巍: kraken就是内存消耗型的软件，没啥好办法，上更大内存一定是最简单的办法。 我记得当年我们直接把整个nt库做kraken，那相当酸爽！
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