孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2024-06-12 21:33 回答了问题
表观遗传学
异染色质和 Compartment B
孟浩巍: 严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10% 后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker...
孟浩巍 在 2024-06-04 21:06 发起了提问
ATAC_seq
问答 ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？
通义大模型: 在ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with sequencing）实验中，对于多个样本的重复测序数据合并，以获得更稳定和可靠的peak calling，通常需要遵循以下步骤： 数据预处理： - 对每个样本进行单独的fast...
孟浩巍 在 2024-05-16 10:07 回答了问题
数据处理 R语言
蛋白表达矩阵
孟浩巍: 嗯，应该是normalized过后的。
匿名用户 在 2024-05-16 10:06 回答了问题
RNASeq数据处理
RNA-seq logFC与pvalue
孟浩巍: 一般这种情况有可能是本身表达量太低了，或者组内样品variation太大。 比如，0.1 变到0.2 也是2倍，logFC 1.4，但是你也不太能认为是显著变化。
孟浩巍 在 2024-03-10 17:29 回答了问题
表观遗传学
macs2进行peak calling
孟浩巍: 基因组的一些位置，就是非常容易出现高覆盖的区域，一般都是一些simple repeat或者SINE LINE LTR区域，你可以去看看是不是这些区域？如果是这些区域，直接删除不要即可。   另外就是，你可以统计一下你call peak出来的平均长度，中位数长度分别是多少？注意在统计的时...
孟浩巍 在 2023-11-16 15:40 回答了问题
bam
bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly
孟浩巍: bowtie2 应该都是选best； 一个意思
孟浩巍 在 2023-09-05 15:30 回答了问题
生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题
去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？
孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小； 一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。 具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...
孟浩巍 在 2023-08-15 17:20 回答了问题
转录组
WGCNA
孟浩巍: 可以啊，你可以参考WGCNA最早那篇单细胞的Nature，里面的分析虽然已经很老了，但是仍然有借鉴意义。
孟浩巍 在 2023-08-15 17:19 回答了问题
数据处理 单细胞RNA_seq
如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？
孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……
孟浩巍 在 2023-08-15 17:18 回答了问题
RNASeq数据处理
RNA-seq count值和fpkm值不对应
孟浩巍: stringtie和feature count对于reads的选择不一样。  这个是有可能的。 主要是你load BAM到IGV去看看大概情况，然后手算几个，大差不差就可以了。因为里面可能会有一些其他对count的矫正。
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