孟浩巍 超级管理员

先把生信坑能做够10年！
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孟浩巍 在 2018-08-29 16:13 回答了问题
甲基化预测
【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？
孟浩巍: 现在DNA甲基化最常用的办法是BS-Seq，直接就能测出来哪里是5mC。 人和小鼠的都有数据库，我刚才搜了搜玉米也有很多BS-Seq的数据，但是数据库没有搜到。 你可以下载一下他们的公共数据，然后来查询你说的某个gene位点是否有甲基化。   至于其他修饰，如果有好的修饰测序技术，当然就有数据，没有...
孟浩巍 在 2018-08-29 16:10 回答了问题
测序序列 Illumina测序 测序原理
第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗
孟浩巍: 这个和测序的时候荧光关系不大，现在你说的问题是二代测序中测序G容易出错的问题。 这个问题的是因为，在测序的时候，使用的dNTP不是天然存在的，而是经过工程改造的ddNTP，图示如下： [attach]69[/attach]   在工程改造的过程中，需要增加荧光基团和一个-N3基团帮助block每一...
孟浩巍 在 2018-08-29 14:23 回答了问题
甲基化
甲基化位点选择
孟浩巍: 1. 看你要研究什么问题，如果是想关注的问题比如转录起始，比如发育过程，那么关注TSS附近的就可以了。但是如果你想看global的变化，那肯定要所有的数据多分析。 2. 还是建议想清楚你要研究的问题，再用数据做探索~ 
孟浩巍 在 2018-08-29 09:58 回答了问题
测序序列 bam GC含量
reads数越多，滑窗内GC含量降低
孟浩巍: perl代码…… pass下一题
孟浩巍 在 2018-08-28 22:09 回答了问题
Gene ID转换
关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）
孟浩巍: 你现在的问题是其实是因为你的gene id前面两个字符导致的问题，假设你的table的名称为input_table,   [code]# gene real gene id gene_id.fix = substr(input_table$gene_id,3,nchar(input_table$g...
孟浩巍 在 2018-08-28 15:52 回答了问题
软件使用
差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析
孟浩巍: 我建议你先了解一下这几个表的每一列都代表什么意思。 然后再学习一下怎么画sashimiplot。 最后，用rMATS官方的工具先画一些sashimiplot，之后就可以看了。   对了，多说一句，rMATS计算出来的表格里面，已经给出了是否显著的信息~  
孟浩巍 在 2018-08-28 15:50 回答了问题
Bioconductor
bioconductor的问题
孟浩巍: [code]source("https://bioconductor.org/biocLite.R")[/code] 把www去掉试试？ 另外http能用就行，https有可能是对方服务器的问题。
孟浩巍 在 2018-08-28 12:55 回答了问题
算法 聚类分析
Closed Reference,Open Reference,Denovo聚类分析的联系和区别？
孟浩巍: closed reference:      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接扔掉； open reference：      分析的时候如果有read落不到你的reference，这种read就直接当de novo的reference来用； de nov...
孟浩巍 在 2018-08-28 10:35 回答了问题
GO分析 无参转录组
请问无参转录组的GO分析如何进行
孟浩巍: 现在blast2GO商业化了，有钱可以用，挺好用的。 如果没有钱的话，一般是注释GO id以后用topGO做富集分析~    回头我专门写一个帖子讲这个事情。
孟浩巍 在 2018-08-27 15:54 回答了问题
Google
mac如何打开Google的网页？
孟浩巍: 现在的google已经不能用host改了，改了也得经常换，不好用。 最好的办法是自己搭1个SS服务器，自己给自己搭1个代理。成本大约是1年200块不到。
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