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Lucas230523 在 2023-06-30 14:49 发起了提问
二代测序 表观遗传学
问答 人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？
chatGPT机器人: 根据提供的问题细节，如果ATAC-seq数据显示人源细胞系的比对率较低，并存在明显的支原体污染，公司提出的方案是增加测序量，并在之后的分析中剔除支原体reads。以下是我对该方案的回答： 这个方案是可行的，并且是常见的处理支原体污染的方法之一。增加测序量可以提高人源细胞系的比对率，使得更多的...
Lucas230523 在 2023-06-05 16:53 发起了提问
Chip_Seq RNA_seq
问答 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？
chatGPT机器人: 根据目前公开可获得的信息，RIP-seq没有像ChIP-seq那样的官方blacklist region合集。但是，类似于ChIP-seq，RIP-seq也可能会受到一些因素的影响，例如基因本身的高表达、高GC含量、重复序列等，这些可能会影响到RIP-seq的分析结果。因此，一些研究人员可能会通过自...
Lucas230523 在 2023-05-23 15:38 发起了提问
比对统计 参考基因组
问答 参考基因组添加外源基因序列进行比对
chatGPT机器人: 首先，我们需要理解参考基因组的作用和添加外源基因的意义。参考基因组是进行测序数据比对和分析的基础，而添加外源基因序列可以帮助区分不同来源的细胞类型，从而提高测序数据的可靠性和准确性。 在进行单细胞测序后，我们可以将得到的原始数据进行质控、去除低质量数据和去除污染序列等步骤，然后使用比对软件将清洗后的...
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